生物信息百Jia软件（八）：blat

最新推荐文章于 2021-05-27 08:52:11 发布

基因学苑

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分类专栏：生物信息软件

本文链接：https://blog.csdn.net/xxxie_/article/details/98443556

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blat是一款局部比对工具，擅长处理多对一的比对，尤其适用于基因和转录本的定位。它速度较快，无需建库，提供多种比对格式输出，如psl、axt。blat在处理包含内含子的基因定位时优于blast。本文介绍了blat的功能、官网、下载安装、使用方法、参数选项以及结果解析。

摘要由CSDN通过智能技术生成

点评
blat也是学习生物信息需要掌握的一款工具。blat与blast其实是不同的，虽然都是局部比对工具，但是blat实现了“多对一”的比对，也就是能将不同的外显子定位到同一个基因上。我喜欢blat可以输出多种比对格式结果的模式，默认是psl，但其实可以输出blast同样格式的结果，还有比较容易阅读的axt格式结果。需要注意的是，blat的其实比对坐标与blast不同。

一、功能分类：
局部比对

二、软件官网：
http://hgwdev.cse.ucsc.edu/~kent/exe/linux/

三、软件介绍:
Blat的全称是The BLAST-Like Alignment Tool，可以称为"类BLAST 比对工具"，由W.James Kent于2002年开发。当时随着人类基因组计划的进展，把大量基因和ESTs 快速定位到较大的基因组上成为一种迫切的需求。
blast 对于这种比对需求有几个缺陷：
1、速度偏慢；
2、结果难于处理；
3、无发表示出包含内含子的基因定位。
Blat比对软件就是在这种形势下应运而生了。
另外，相对于blast，blat使用简单，速度更快，而且不需要建库过程，可以输出多种比对格式的比对结果。
blat特别适合将基因、cds重新定位到染色体上，这个在转录组分析中非常有用。在真核生物中，mRNA在加工成熟过程中需要切出内含子，转录本也存在可变剪切，也就是假设一个基因有1234四个外显子，那么最终得到的cds可能是123，也可能是124&