nnunet(六) custom spacing

https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/blob/master/documentation/tutorials/custom_spacing.md

通过创建一个自定义的ExperimentPlanner来自定义的设置target spacing，让我们运行 Medical Segmentation Decathlon.的一个例子Task002_Heart来阐述它，数据集比较小，所有运行起来不会有太大的困难。

首先下载对应的数据集，然后使用nnUNet_convert_decathlon_task将它转换为nnU-Net对应的数据格式。我们需要运行一个自定义的3d experiment planner对应的nnUNet_plan_and_preprocess来实现，作者已经创建了一个合适的trainer，experiment_planner_baseline_3DUNet_v21_customTargetSpacing_2x2x2.py

这将为3d_fullres配置中的target spacing直接设置成2x2x2mm(3d_lowres没有改变)。现在去看看这个ExperimentPlanner。

运行nnUNet_plan_and_preprocess并指定刚才创建的ExperimentPlanner

nnUNet_plan_and_preprocess -t 2 -pl2d None -pl3d ExperimentPlanner3D_v21_customTargetSpacing_2x2x2

-pl2d None表示禁用2D预处理，ExperimentPlanner中只包含了3D训练，执行完这一步 所有的数据都会被预处理到target spacing。例如，当运行任何nnUNet_*命令时，可以通过指定链接到它的新的自定义计划文件new custom plans file来使用它(参见ExperimentPlanner3D_v21_customTargetSpacing_2x2x2源代码)

nnUNet_train 3d_fullres nnUNetTrainerV2 2 FOLD -p nnUNetPlansv2.1_trgSp_2x2x2

 确保以_plans_3D.pkl作为后缀。

TODO: how to compare with the default run?

IMPORTANT:当创建自定义ExperimentPlanner时，确保始终将它们放在nnunet.experiment_planning module中的唯一类名下。如果创建子文件夹，请确保它们包含__init__py文件(可以为空)。如果你没有这样做，nnU-Net将无法定位你的ExperimentPlanner并且会崩溃crash!