【0基础】输入cq值即获得可截断的带显著区间的显著水平的表达量柱状图

标题【0基础】输入cq值即获得可截断的带显著区间的显著水平的表达量柱状图

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档

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前言

实时荧光定量获得的cq值需经过2^-▲▲ct公式计算表达量，然后在计算组间差异最后作图，本贴可输入cq值一步画出可截断的带显著区间的显著水平的表达量柱状图。代码我也是down的别人的，现学现卖。只是加了很多注释方便新手理解，原帖https://www.jianshu.com/p/d520f2f5ab33

一、整理cq值数据

将cq值整理成一下这种格式：

最好不要出现中文，然后将整理好的数据另存为后缀名为.csv格式到指定的文件夹下，待会要用到

示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。

二、使用R

1.计算相对表达量

在用R读入数据前，需要将工作路径设置到你刚才存放数据的文件夹下。

PCR <- read.csv("你的数据的文件名.csv") #读表到R中
PCR$dct=PCR$gene-PCR$GAPDH  ##计算∆Ct，即目的基因Ct-内参基因Ct
PCR$ddct=PCR$dct-mean(PCR$dct[1:3])  ##∆Ct-对照组Ct均值，即∆∆Ct
PCR$mrna=2^-PCR$ddct  ##取2的-∆∆Ct次方，即2^-∆∆Ct

2.开始画图

#画图
library(ggpubr)#载入r包，第一次载入可能会比较久，如果提示找不到这个包那就需要下载，下载r包的方法请自行百度
ggbarplot(PCR,
          'group',
          'mrna',
          fill = 'group', # 按组填充颜色，当然如果喜欢单色，就用‘black’
          palette = "jco",  ## "npg", "aaas", "lancet"等主题任意选
          add = "mean_sd",,xlab = F,ylab = 'Relative mRNA expression',legend='none',
          ggtheme = theme_bw()#选一个自己喜欢的背景
)+stat_compare_means(method = 't.test')

到这里就算是一步出图啦，图片带有误差区间、使用的检验方法和显著值，但是想把柱状图换成黑白的啥的也可以接着下面这个代码

2.图片优化

install.packages("ggprism")
library(ggprism)
ggbarplot(PCR,
          'group',
          'mrna',
          fill = "black",
          add = "mean_sd",
          xlab = F,ylab = 'Relative mRNA expression',legend='none',
          ggtheme = theme_prism()
)+stat_compare_means(aes(label = ..p.signif..),  ## 改成星星
                     comparisons = list(c('control','treat')),  ## 添加一下列表
                     method = 't.test')

最后在做一个截断优化一下

install.packages("ggbreak")
library(ggbreak)
p<-ggbarplot(PCR,
             'group',
             'mrna',
             fill = "black",
             add = "mean_sd",
             xlab = F,ylab = 'Relative mRNA expression',legend='none',
             ggtheme = theme_prism()
)+stat_compare_means(aes(label = ..p.signif..),  
                     comparisons = list(c('control','treat')),  
                     method = 't.test')
## 只要一句话就解决了，1.5是下轴，4是上轴，当然也可以三截断，定义宽度和高度，具体的自己可以研究
p+scale_y_break(c(1.5,4) ,scales = c(1,10))