网络药理学·2

一 数据库的认识

1.1 TMCMSP数据库的认识

网络药理学在中医药的应用极为广泛 。TCMSP 是独特的中草药系统药理平台，数据库提供的信息包括活性成分的鉴定、化学品、目标和药物目标网络，以及相关的药物靶标疾病的网络，以及用于天然化合物的药物动力学性质涉及口服生物利用度，药物相似性，口服生物利用度（OB），血脑屏障（BBB），肠上皮渗透性（Caco-2），ALogP，负表面积（FASA-）和H键数的药物药代动力学信息供体/受体（Hdon / Hacc）等。里面包含了中国药典2010版中499味草药以及每位草药的化合物成分（共计29000余个），药物靶点来自HIT数据库和预测算法SysDT，疾病信息来自TTD数据库和PharmGKB。

二 TCMSP数据库筛选条件

2.1 筛选条件

1 一般来说会活性成分的筛选标准是OB（口服利用度）>30，DL（drug-likeliss，类药性）>0.18。标准是通用标准，如果你筛选的成分太少，也可以适当降低标准，比如把数据调整为20 和 0.15等，有的中药的给药途径不是口服给药，那么就可以不考虑OB值，因为OB是反应药物经胃肠道吸收进入血液的含量，那么比如静脉给药、经皮给药、黏膜给药等方式不经过胃肠道，就没有必要考虑OB值。

2 BBB<-0.3，表示不穿透BBB；从-0.3~+0.3表示，表示中度渗透；大于0.3表示有强的渗透性。

3 RBN<10， 值在10或以下表示具有较好的口服生物利用度

4 药物半衰期小于等于四小时：易消除组；4～8小时，中度消除速度组；大于等于8小时，慢速消除组。

5 TPSA<60， 值小于60表示有良好的膜通透性；

2.2 筛选条件的介绍

1）OB ：口服生物利用度 

OB 代表达到全身循环的口服不变剂量药物的百分比，这表明ADME过程的趋同。高口服生物利用度通常是确定生物活性分子作为治疗剂的类药物性质的关键指标。

2 ）DL ：药物相似性 

DL是用于药物设计的定性概念，用于评估前瞻性化合物的“药物样”状态，这有助于优化药代动力学和药物特性，例如溶解度和化学稳定性。该化合物的“类药物”水平为0.18，用作中药中“类药物”化合物的选择标准。

3 ）FASA- 

如沈明云的工作所述（Shen et al。，2012），可将具有负部分电荷的所有原子的分数水可及表面积（FASA-）用作药物样分子的药物样评价。

4）Caco-2磁导率

由于人肠细胞系Caco-2通常用作研究药物跨肠上皮细胞被动扩散的有效体外模型，因此我们使用Caco-2单层中成分的转运速率（nm / s）来代表肠TCMSP中的上皮渗透性。

5）BBB：血脑屏障

血脑屏障在解剖学上的特征是连续无窗内皮细胞之间存在细胞间紧密连接，该连接通常起到限制蛋白质和潜在的诊断药物以及治疗药物进入脑实质的作用（Tattersall et al。，1975）。了解和评估化合物进入中枢神经系统的能力至关重要

6）HL：药物半衰期

药物半衰期（t 1/2）定义为“体内化合物数量下降一半所需的时间”，可以说是最重要的特性，因为它决定了化合物可能引发的时间范围治疗性（Madden，2010）。药物半衰期模型的详细信息在“ 用于草药注射的新型系统药理模型：使用Reduning注射的情况”中有详细描述。

7）AlogP

AlogP值代表辛醇和水之间的分配系数，这对于测量分子的疏水性至关重要。它基于Ghose-Crippen方法，该方法是根据基于120个原子类型（包括H，C，N，O，S和卤素的常见键合）的疏水性贡献的回归方程计算的（Viswanadhan 等，1989）。。

8）Hdon和Hacc

Hdon 和Hacc分别表示可能的氢键供体和受体数目，表示分子的氢键能力。这两个参数可能会影响化合物，并通过功能与其他ADME参数一起影响目标相互作用。

9）RBN

RBN是允许其自身自由旋转的键的数量。这些定义为与非末端重原子键合的任何单键，不在环中。从计数中排除的是酰胺CN键，因为它们具有高的旋转能垒（Veber 等，2002）。 可旋转键的数目是众所周知的分子灵活性的描述，并且对于许多“类药物”化合物而言，可旋转键的数目大致与分子大小成正比。特别地，预测仅满足10个或更少的可旋转键的标准的化合物具有良好的口服生物利用度（Veber 等，2002）。

10）TPSA

TPSA是描述分子极性的物理化学性质。分子的极性表面积（PSA）定义为所有极性原子的表面总和，主要是氧和氮，还包括其附着的氢（Ertl 等，2000）。PSA是用于优化adrug渗透细胞能力的常用药物化学指标。极性表面积大于140埃平方的分子在渗透细胞膜时往往较差，而PSA小于60埃平方的分子通常在渗透细胞膜时表现良好。

11）兆瓦

MW（分子量）是指分子的质量。它是Lipinski的“五个规则”的参数之一，该参数评估药物的相似性或确定具有一定药理或生物学活性的化合物是否具有使其成为人类口服活性药物的特性。分子量从180到500道尔顿的化合物被认为更容易药物治疗。