代谢组学网络药理学结合聚焦关键蛋白

最新推荐文章于 2022-06-27 16:12:49 发布
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本文探讨了代谢组学与网络药理学的交叉应用，通过综合分析揭示药物作用机制，特别关注在寻找和理解关键蛋白质的角色上。
摘要由CSDN通过智能技术生成

代谢组学研究

技术与实践

1、代谢组学简介及样本的采集与制备关键问题探讨

代谢组学概述、操作流程、样本采集、储存及制备问题

2、代谢组学数据采集与预处理，决定数据统计结果的准确性

2.1 常用技术平台介绍（NMR和LC-MS）

2.2 常用软件和数据库介绍（代谢物鉴定、数据预处理与分析）

2.3 数据预处理（归一化、标准化、数据转化、缺失值评估）

3、基于SIMCA-P软件的代谢组学数据多元统计分析与实操
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学习生物心得体会.doc
01-07
此外，生物有机化学也聚焦于细胞信号传导过程中的关键因子，如g-蛋白偶联受体、蛋白激酶和细胞凋亡过程，通过设计高活性、高选择性的调节剂，深入理解生物大分子的功能。同时，利用单晶衍射和核磁共振（nmr）技术...
机器学习在代谢组学、蛋白质组学、微生物组学、基因组学研究中的应用
MR_WCJ的博客
03-21 863
机器学习方法旨在基于底层算法和给定数据集生成预测模型。机器学习算法的输入数据通常由一组样本中的“特征(features)”和“标签(labels)”组成。特征是所有样本的测量结果，无论是原始的还是经过数学变换的结果；而标签是机器学习模型旨在预测的结果—也就是模型的输出。机器学习算法也可以处理缺乏标签的数据集。如图1所示，一般的机器学习工作流程首先是处理输入数据; 第二，学习或训练基础模型（一组数学公式和统计假设，定义学习规则）; 第三，使用机器学习模型对新数据进行预测。
【无标题】学习CADD-AMBER--薛定谔--代谢组学及网络药理学知识内容
y2715163545的博客
12-16 1187
CADD专题 CADD-同源建模-蛋白-薛定谔-Amber-代谢组学及网络药理学专题学习 生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋
go kegg_网络药理学DAVID数据库GO及KEGG分析
weixin_42133899的博客
12-30 5067
GO分析和KEGG分析基本是网络药理学中必不可少分分析之一，用以分析基因的功能和相关富集的通路；有较多数据库可以进行在线分析，DAVID是其中之一。01—数据库简介DAVID是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。数据库网址：https://david.nc...
结合代谢组学和网络药理学技术发现的差异代谢物和中药成分的药物靶点关联等技术操作
xxxgdragonm的博客
02-16 2827
本期分享一篇中南大学今年发表在Computational and Structural Biotechnology Journal 杂志（影响因子6.018)上的论文《结合代谢组学和网络药理学揭示羟基红花黄色素A抗急性颅脑损伤的机制》。 外伤性脑损伤(Traumatic brain injury，TBI)已成为世界范围内导致死亡、发病和残疾的主要原因。羟红花黄A (hydroxysafflor yellow A，HSYA)是治疗脑外伤的有效药物，但其潜在机制有待进一步研究。 此研究的目.
代谢组学数据分析的统计学方法综述
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FanJin的博客
10-01 3万+
转自：https://mp.weixin.qq.com/s/XThAKeSBriHbeYKlU96pmA 代谢组学研究产生大量的数据，这些数据具有高维、小样本、高噪声等复杂特征。如何从复杂的代谢组学数据中提取出有价值的信息，筛选出潜在的生物标志物成为近年来代谢组学研究的热点和难点。据此，本文针对目前代谢组学数据分析中的常用统计学方法及其研究进展进行介绍。 代谢组学数据的特点 代谢组学是...
高内涵筛选技术PPT学习教案.pptx
10-03
它可以同时检测多种细胞活动，如细胞生长、分化、迁移、凋亡、代谢途径和信号转导，这使得HCS成为研究药物药理学活性和潜在毒性的有力工具。与HTS不同，HCS并不需要随着检测指标的增加而增加检测体积，且操作流程...
基于突变蛋白的分子对接的特异React不良风险人群预测
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06-16
- **网络药理学**：讲解如何通过构建和分析生物网络来研究药物的作用机制。 ### 结论 《Handbook of Chemoinformatics》不仅为读者提供了化学信息学的基础知识和技术方法，还深入探讨了其在药物发现、分子建模和...
AI 科研绘图矢量素材库
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“蛋白受体配体”部分，聚焦于分子生物学的核心概念，比如受体与配体的相互作用，这对于药理学研究尤其关键，可以用来展示药物如何与靶点结合并发挥作用。 “化学”部分可能涵盖化学结构、反应方程式等，对于化学...
基因结构图的0_在线网站绘制基因结构图！
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小编今天给大家介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server，简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构，清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图，展现基因结构与系统进化关系。打开这个工具，它的界面如下：1.数据输入类型绘图的输入文件有四种类型的数据可选：BED:大家可以在基因组GFF文件筛选...
《CADD》、《Schrödinger》、《amber》、《代谢组学和网络药理学》
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一月份专题：《CADD》、《Schrödinger》、《amber》、《代谢组学和网络药理学》 靶点蛋白，蛋白结构，ACE2，蛋白晶体复合物，模型构建，结构构件，数据库使用，柔性对接，半柔性对接，刚性对接，共价对接，3D-QSAR模型、富集分析、差异代谢物、羟基红花黄色素A等 包含：sybyl、ZDOCK、autodock、pymol等多种 1649805029 基础：CADD专题 名称 内容 生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生
java dscape_转录组与代谢组联合分析利器----MetScape（上）
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原标题：转录组与代谢组联合分析利器----MetScape(上)相信各位老师们最近看了不少关于和联合分析的文章,在此小编也带着大家简单回顾下思路吧！总的来说，是基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。例如，我们想研究导致不同颜色品种的玫瑰花颜色差异的原因，首先通过代谢物检测，发现不同颜色品种的玫瑰花积累的花青素类型和含量并不一致；然后进行转录组测序，在众...
代谢组学分析常用网站
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MetaboAnalyst 5.0 MetaboAnalyst 5.0 可进行代谢组数据的可视化分析，Module Overview如下，包括Biomarker Analysis/ Enrichment Analysis/Pathway Analysis/Joint Pathway Analysis/Network Analysis以及各种封图分析等，基本送测公司的报告里头的结果图，只要拿到excel检测结果信息表都能在这个网站自己做，操作简单直接上手 Interactive Pathways Expl.
转录组+代谢组联合分析
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转录组+代谢组联合分析 简介 转录组是获得生物体内基因表达的重要方法，代谢组是生物体表型的基础和直接体现者。 转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路，但由于基因与表型之间很难之间关联，导致关键的信号通路难以确定，因此往往达不到预期的研究目的。代谢产物是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，是生物体表型的物质基础。 在系统生物学研究时代，生物过程复杂多变，基因调控网络复杂。 针对特定的生理、病理等表型进行研究，利用转录组的数据获得大量差异表达的基因，与代谢组检测得到的差异代谢物进行关联分析,从而从原
指纹图谱相似度评价软件_基于指纹图谱和网络药理学对当归四逆汤中桂枝的Qmarker预测分析...
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摘 要：目的 基于指纹图谱和网络药理学分析预测当归四逆汤(DSD)中桂枝的质量标志物(Q-marker)。方法建立桂枝水煎液和DSD的指纹图谱，利用中药色谱指纹图谱相似度评价系统软件(2012年版)进行分析；采用网络药理学筛选和分析桂枝相关成分的作用靶点和通路，构建“成分-靶点-通路”网络，预测DSD中桂枝潜在的Q-marker。结果建立了15批桂枝水煎液和15批DSD的指纹图谱...
介绍一款|用于多组学整合和网络可视化分析的在线平台
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为了使研究更系统更全面，越来越多的研究人员追求在多组学背景下解释分子数据。OmicsNet (www.omicsnet.ca) 顺应而生，这是一个在线平台，允许用户轻松地构建、可视化和分析多组学网络。OmicsNet 2.0在原有基础上进行了升级，主要改进了三个方面：(1) 可视化分析中2D图形布局选项增加了11个，以及一个新颖的3D模块。(2) 支持三种新的组学类型：(3) 分析时将同时输出使用的R包OmicsNetR和历史命令，并生成共享链接可在网页查看和交互操作，从而提高研究的可重复性。...
蛋白组+代谢组联合分析
aganlala的博客
01-08 5260
简介 蛋白质组学是从蛋白整体水平上对细胞内蛋白质的组成、活动规律及蛋白质与蛋白质的相互作用进行研究的一门学科，是功能基因组学时代的一门新学科。目前蛋白质组学的研究主要是基于质谱的蛋白质组学。代谢组学是系统生物学领域中继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，它通过检测生物体在受到外源刺激或基因修饰后其体内代谢物质的变化,从而探索整个生物体的代谢机制。 对蛋白组和代谢组两个分子层次的组学数据进行整合分析，一方面可以结合两个组学的分析结果，进行相互验证，提高后续实验验证成功率；另一方面也有助于相互补充，
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