代谢组学网络药理学结合聚焦关键蛋白

最新推荐文章于 2024-09-14 19:55:29 发布
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版权
本文探讨了代谢组学与网络药理学的交叉应用，通过综合分析揭示药物作用机制，特别关注在寻找和理解关键蛋白质的角色上。
摘要由CSDN通过智能技术生成

代谢组学研究

技术与实践

1、代谢组学简介及样本的采集与制备关键问题探讨

代谢组学概述、操作流程、样本采集、储存及制备问题

2、代谢组学数据采集与预处理，决定数据统计结果的准确性

2.1 常用技术平台介绍（NMR和LC-MS）

2.2 常用软件和数据库介绍（代谢物鉴定、数据预处理与分析）

2.3 数据预处理（归一化、标准化、数据转化、缺失值评估）

3、基于SIMCA-P软件的代谢组学数据多元统计分析与实操
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Hbaixue
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结合代谢组学和网络药理学技术发现的差异代谢物和中药成分的药物靶点关联等技术操作
xxxgdragonm的博客
02-16 2829
本期分享一篇中南大学今年发表在Computational and Structural Biotechnology Journal 杂志（影响因子6.018)上的论文《结合代谢组学和网络药理学揭示羟基红花黄色素A抗急性颅脑损伤的机制》。 外伤性脑损伤(Traumatic brain injury，TBI)已成为世界范围内导致死亡、发病和残疾的主要原因。羟红花黄A (hydroxysafflor yellow A，HSYA)是治疗脑外伤的有效药物，但其潜在机制有待进一步研究。 此研究的目.
机器学习在代谢组学、蛋白质组学、微生物组学、基因组学研究中的应用
MR_WCJ的博客
03-21 864
机器学习方法旨在基于底层算法和给定数据集生成预测模型。机器学习算法的输入数据通常由一组样本中的“特征(features)”和“标签(labels)”组成。特征是所有样本的测量结果，无论是原始的还是经过数学变换的结果；而标签是机器学习模型旨在预测的结果—也就是模型的输出。机器学习算法也可以处理缺乏标签的数据集。如图1所示，一般的机器学习工作流程首先是处理输入数据; 第二，学习或训练基础模型（一组数学公式和统计假设，定义学习规则）; 第三，使用机器学习模型对新数据进行预测。
《CADD》、《Schrödinger》、《amber》、《代谢组学和网络药理学》
xxxgdragonm的博客
12-09 771
一月份专题：《CADD》、《Schrödinger》、《amber》、《代谢组学和网络药理学》 靶点蛋白，蛋白结构，ACE2，蛋白晶体复合物，模型构建，结构构件，数据库使用，柔性对接，半柔性对接，刚性对接，共价对接，3D-QSAR模型、富集分析、差异代谢物、羟基红花黄色素A等 包含：sybyl、ZDOCK、autodock、pymol等多种 1649805029 基础：CADD专题 名称 内容 生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生
【无标题】学习CADD-AMBER--薛定谔--代谢组学及网络药理学知识内容
y2715163545的博客
12-16 1189
CADD专题 CADD-同源建模-蛋白-薛定谔-Amber-代谢组学及网络药理学专题学习 生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋
go kegg_网络药理学DAVID数据库GO及KEGG分析
weixin_42133899的博客
12-30 5067
GO分析和KEGG分析基本是网络药理学中必不可少分分析之一，用以分析基因的功能和相关富集的通路；有较多数据库可以进行在线分析，DAVID是其中之一。01—数据库简介DAVID是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。数据库网址：https://david.nc...
代谢组学数据分析及网络药理学研究技术与实践
Angus_1的博客
06-03 2332
一、代谢组学研究技术与实践 1、代谢组学简介及样本的采集与制备关键问题探讨 1.1 代谢组学概述 1.2 代谢组学操作流程 1.3 样本的采集、储存与制备关键问题 2、代谢组学数据采集与预处理，决定数据统计结果的准确性 2.1 常用技术平台介绍（NMR和LC-MS） 2.2 常用软件和数据库介绍（代谢物鉴定、数据预处理与分析） 2.3 数据预处理，包括数据归一化、标准化和数据转化以及缺失值评估等 3、基...
代谢组学及网络药理学研究技术与实践
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代谢组学是近年发展快速的一门学科，目前在医学、植物学、微生物学、毒理学、药物研发等多个领域中得到了广泛的应用。如何从复杂的代谢组学数据中提取出有价值的信息，筛选出潜在的生物标志物成为近年来代谢组学研究的热点和难点。网络药理学能够通过计算机模拟算法、运用组学、高通量筛选及网络分析等技术揭露药物-靶点-疾病之间复杂的网络信号关系,已经成为揭示生物系统复杂功能和行为的有力工具。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办“代谢组学及网络药理学研究技术与实践”专题培训班. 代谢组学数据分析及网络药理学研
学习生物心得体会.doc
01-07
此外，生物有机化学也聚焦于细胞信号传导过程中的关键因子，如g-蛋白偶联受体、蛋白激酶和细胞凋亡过程，通过设计高活性、高选择性的调节剂，深入理解生物大分子的功能。同时，利用单晶衍射和核磁共振（nmr）技术...
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10-03
它可以同时检测多种细胞活动，如细胞生长、分化、迁移、凋亡、代谢途径和信号转导，这使得HCS成为研究药物药理学活性和潜在毒性的有力工具。与HTS不同，HCS并不需要随着检测指标的增加而增加检测体积，且操作流程...
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10-01 3万+
转自：https://mp.weixin.qq.com/s/XThAKeSBriHbeYKlU96pmA 代谢组学研究产生大量的数据，这些数据具有高维、小样本、高噪声等复杂特征。如何从复杂的代谢组学数据中提取出有价值的信息，筛选出潜在的生物标志物成为近年来代谢组学研究的热点和难点。据此，本文针对目前代谢组学数据分析中的常用统计学方法及其研究进展进行介绍。 代谢组学数据的特点 代谢组学是...
java dscape_转录组与代谢组联合分析利器----MetScape（上）
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原标题：转录组与代谢组联合分析利器----MetScape(上)相信各位老师们最近看了不少关于和联合分析的文章,在此小编也带着大家简单回顾下思路吧！总的来说，是基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。例如，我们想研究导致不同颜色品种的玫瑰花颜色差异的原因，首先通过代谢物检测，发现不同颜色品种的玫瑰花积累的花青素类型和含量并不一致；然后进行转录组测序，在众...
基因结构图的0_在线网站绘制基因结构图！
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小编今天给大家介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server，简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构，清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图，展现基因结构与系统进化关系。打开这个工具，它的界面如下：1.数据输入类型绘图的输入文件有四种类型的数据可选：BED:大家可以在基因组GFF文件筛选...
分享：虚拟筛选常用化合物库
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虚拟筛选依赖分子模拟技术，从大量的有机化合物中遴选出可能有效的候选化合物，避免了对化合物的盲目筛选，从而大大降低了发现活性先导化合物的成本。虚拟筛选作为计算机辅助药物设计中的一项实用化技术，在当代的创新药物研发中发挥着重要的作用。   近些年来，国内外针对一些重大疾病药物靶标均有许多成功使用虚拟筛选的实例。在这些成功的实例中，多种不同类型的小分子化合物数据库（通常包括100,000~1000,...
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Java中的网络编程主要涉及使用Socket类进行网络通信，以及理解各种网络协议。以下是一些关键概念和示例代码，帮助您入门。
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程序注册端口：1024-49151。单个协议下，端口号不能冲突。公有端口0-1023。
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Out方向：仅能控制本地始发的5类LSA，在泛洪时，根据distribute-list中的定义来有选择性 的通告5类LSA。路由过滤工具distribute-list（分发列表），结合ACL/prefix-list/route-map实现路由过滤；在多点路由重发布模型中，将高管理距离（低优先级）的路由重分部到低管理距离（高优先级）的路由协。路由重分布是指连接不同路由域（自治系统）的边界路由器，它在路由协议之间交换和通告路由信息。在路由重分布时，可以结合一定路由策略，例如路由的筛选、修改路由的属性。
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RDMA（全称：Remote Direct Memory Access）是一种远程直接内存访问技术，通过在硬件中实现传输层协议，将内存/消息原语接口暴露至用户空间，通过绕过CPU和内核网络协议栈来实现高吞吐和低延迟的网络。RoCE（RDMA over Converged Ethernet）是一种允许通过以太网使用远程直接内存访问（RDMA）的网络协议。关于什么是NVMe over Fabrics,什么是NVMe over RDMA，本文就不做介绍了，网上资料一大堆。
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