中药免疫肿瘤学数据库，TCMIO使用指南

   免疫肿瘤学的发展使免疫疗法成为癌症治疗的有力工具。目前，在肿瘤免疫治疗中开发的大多数药物是阻断T细胞检查点受体及其同源配体的单克隆抗体。然而，并非所有患者都能从这些药物中获益，而且它们存在一定的副作用。为了解决这些问题，小分子方法已被提出作为辅助治疗，它是生物制剂的补充，并显示出潜在的协同效应。小分子可以调节适应性和先天免疫系统，并最终影响肿瘤微环境中事件的进程。与生物制剂相比，小分子药物具有可行性高、肿瘤微环境暴露量大、剂型多样、成本低等优势。这些优点说明小分子在肿瘤免疫治疗中存在机会。研究表明，中药在免疫调节中起着重要作用，说明它们在癌症免疫治疗中具有广阔的前景。

      本文介绍一个中药免疫肿瘤学综合数据库TCMIO, 供研究肿瘤免疫学的同学们参考。数据库相关论文于2020年4月发表在Frontiers in Pharmacology杂志上

 

一、数据库的整体框架

       

        TCMIO数据库的整体框架见下图。

    首先从文献中提取肿瘤免疫学靶标（IO靶标）。对于每个靶标，使用公共数据库UniProt对蛋白名称和基因名称进行标准化。然后从ChEMBL (version 24.0) 数据库中提取作用于每个IO靶标的配体，活性阈值设定为10um, 活性类型仅包括Ki、Kd, IC50, C50，和potency。方剂和中药均取自《中国药典》(2015版)。利用Kew药用植物名称服务(Kew Medicinal Plant Names Services）收集中药的种名。化学成分从TCMAnalyzer 下载，该软件整合了TCMSP和TCMID的数据。数据库还综合分析了中药与肿瘤免疫的关系。51xxziyuan.com

 

二、数据量统计

 

数据库包含的各种类型的数据的数量统计见下表。

 

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