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RSS订阅原创 Deep Learning in Neuroscience 01
配置深度学习环境Fedora 33Nvidia GTX1080Ti系统通过 dnf (rpm) 安装过nvidia driver,安装CUDA问题出现在红色框处，命令行提示出现冲突。解决办法：将红色框的命令替换成sudo dnf module disable nvidia-driver问题出现的原因：系统已经安装了NVIDIA 显卡驱动，重复安装会出现冲突；另外，在执行sudo dnf -y install cuda时，会默认安装cuda中自带的NVIDIA显卡驱动，同样
2021-05-30 14:58:11
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原创 生物图像处理软件_图像配准
BigWarpCMTKBUnwarpJ (https://imagej.net/BUnwarpJ)ITKElastixSimpleElastixANTs
2020-09-19 17:05:03
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原创 《C专家编程》第2版中文勘误表（持续更新中）
不知道为什么没有一个官方的链接来做这些事情。。。书籍出版结束就了事了？！参考英文原文170页 “10月30日等于12月25日”，改成“10月31日等于12月25日”...
2020-04-11 09:42:53
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原创 Matlab图像处理-连通域分析
连通域分析（connected component analysis）的目的是在二值图像中，利用像素之间的连接关系，获得分割不同的区域。详细解释，参见wiki下面是two-pass方法的Matlab实现：image = [0,0,1,0,0,1,0; 1,1,1,0,1,1,1; 0,0,1,0,0,1,0; 0,1,1,0,1,1,0]...
2020-03-16 23:30:26
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原创 NRRD文件格式-NrrdIO库
之前的博客介绍了NRRD图像格式。这篇文章利用Teem提供的NrrdIO库来编译示例程序sampleIO.c。操作系统：Fedora 30编译器：GCC 9.2.1打开源代码，可以看到NrrdIO-1.11.0-src-tar.gz和teem-1.110-src.tar.gz两个主要文件。这里我们下载NrrdIO-1.11.0-src-tar.gz，用于读写NRRD图像。下载...
2020-02-29 15:40:02
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原创 Matlab连接PostgreSQL
1. 主要流程参考来源 https://stackoverflow.com/questions/2698159/how-can-i-access-a-postgresql-database-from-matlab-with-without-matlabs-database% Add jar file to classpath (ensure it is present in your curr...
2019-10-04 22:47:55
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原创 Chan-Vese 模型在提取小鼠大脑轮廓中的应用
利用Matlab自带activecontour函数实现图像分割。图中，蓝色曲线是初始化边界，红色曲线是迭代2000次后的计算结果。
2019-09-22 14:48:19
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翻译 Matlab-clustergram编辑
Matlab 内置函数 clustergram 可以对热图（heatmap）直接进行层次聚类（hierachical clustering）。在得到层次聚类图后，我们经常需要修改图像的属性，例如colorbar和字体大小。借鉴网友的答案，本文总结了修改clustergram结果的步骤。很简单，很方便。首先，按照官方教程提供的一个例子，输入load filteredyeastdatac...
2019-07-16 13:13:54
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原创 Matlab-只读取文本的第一行
举例，文本文件data01.txt的内容如下：2.0 3.2 0.10.5 0.7 0.90.4 0.8 9.8每行三列，浮点数类型fileID = fopen(data01.txt);data = textscan(fileID, '%f %f %f', 1, 'Delimiter', ' ', 'HeaderLines', 0);fclose(fileID);注意1的位置...
2019-03-31 15:04:03
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原创 有限差分法在最优化问题中的应用
通常情况下，图像处理或者计算机视觉中涉及到的最优化问题都有一个共同的特点：目标函数（objective）没有解析形式（analytical form）。也就是说，目标函数没有一个明确的函数表达式，我们不能直接解析地获得目标函数的导数或者偏导数。在这个情况下，我们一般使用有限差分来估计目标函数的导数。这个主题包含两篇文章有限差分法的简单应用 （本文）有限差分法在图像配准最优化中的应用本文...
2019-02-26 16:20:40
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原创 生物图像处理软件汇总（持续更新）
前言成像（imaging）是生物学研究的常用手段之一。然而，对于生物学研究者，如何分析成像后的图像数据是一个普遍的难题。对此，前人已经开发了许多生物图像处理软件。本文试图总结它们的特点，方便研究人员根据自己的研究目的、图像类型和系统配置，选择合适的生物图像处理软件。1. 胞体分割（cell segmentation）胞体识别是生物图像分析中很重要的一步。通常，用于胞体分割的图像是2D或者3...
2019-02-16 20:33:12
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原创 NRRD文件格式-基本定义
在处理图像的过程中，遇到很多NRRD格式的文件。有一些程序需要读取特定的头文件信息来进行处理，所以，在这里，对部分NRRD头文件的参数进行说明。示例图像出处：http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/average_template/average_template_25....
2018-12-23 16:04:49
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原创 Maltab 保存32位的tiff图像
Matlab支持对多幅TIFF图像的写入（write），但是，不支持32位的操作。换句话说，如果运行下面的代码：imwrite(uint32(data), 'test.tif')；那么程序会报错:Error using writetif (line 92)Writing uint32 image data to a TIFF file is not supported with ...
2018-07-12 15:53:32
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转载 双线性差值 Matlab代码
首先声明，文章内容非原创，转自 https://stackoverflow.com/questions/26142288/resize-an-image-with-bilinear-interpolation-without-imresizefunction [out] = bilinearInterpolation(im, out_dims) %// Get some nece...
2018-06-12 15:21:56
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原创 橘子有多少瓣？
以沙糖桔为例，作者做了32次实验，得到的结果如下: 编号 瓣数 1 10 2 12 3 11 4 10 5 12 6 11 7 10 8 9 9 11 10 10 11 10 12 13 13 10 14 12
2017-12-21 09:30:45
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原创 假设检验与抽样分布的联系
本文先给出假设检验和抽样分布的定义，然后，以一个正态总体的均值抽样分布为例，介绍假设检验的过程，最后拓展到其他抽样分布的情况并总结。1 假设检验假设检验（hypothesis test）又称为显著性检验（significance test），是根据总体的理论分布和小概率理论，对未知或不完全知道的总体提出两种彼此对立的假设，然后由样本的实际结果，经过一定的计算，作出在一定概率意义上应该接受的那种假设的
2017-04-20 23:07:01
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原创 利用互相关方法校正二维图像移动
在对同一个物体进行长时间拍摄的过程中，难免会因为一些外界原因，比如，物体的移动，导致拍摄的物体在成像平面中发生移动。这时，在分析某一特定区域长时间的特性之前，要对成像得到的图像进行校正。本文中针对二维图像水平和竖直方向移动进行校正。校正的方法有很多种，有的是通过搜索、迭代、优化，找到最优解的。而本文中采用了利用互相关的方法，可以做到在一定假设的条件下，直接得到x、y平移的数值。1 互相关用于图像配准
2017-04-11 19:53:46
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原创 制作学术PPT和演讲的要点
学术演讲通常需要利用PPT。下面是一些我自己总结的要点，主要有两个方面：（1）如何制作PPT；（2）如何做有趣的演讲。一、如何制作PPT 1、PPT上需要有必要的文字提示。一方面用来提醒自己，一方面用来让观众更好地理解标书的内容。当然，随着自身知识的积累，PPT上展示的文字内容可以逐渐减少。2、制作PPT的时候，充分利用整个屏幕（字体大小、图片大小）3、展示一部分学术结果后，给出su...
2017-03-27 20:45:12
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原创 Matlab Win7 imwrite 写入tiff stack 出错
在win7，使用imwrite函数写入多张tiff图像的时候，经常会出现一个错误：??? Error using ==> writetif at 100 Couldn’t open ‘file.tif’ for writing. You may not have write permission.原因是在win7里面，Windows程序管理器（Windows Explorer）在检测
2017-03-04 14:18:42
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原创 Matlab函数陷阱
1.uint8()函数 输入 edit uint8，查看函数解释。 % Values outside this range saturate on overflow, namely they are mapped % to 0 or 255 if they are outside the range. 从解释中可以看出，如果数据值超出0～255的范围，那么小于0的值将变为0，大于2
2016-07-05 11:03:45
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paper_MINS
2019-02-16
空空如也
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