推荐：UCell——稳定且可扩展的单细胞基因特征评分工具

推荐：UCell——稳定且可扩展的单细胞基因特征评分工具

UCellGene set scoring for single-cell data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/uc/UCell

项目介绍

在生物信息学领域，UCell是一个专为单细胞数据分析设计的R包，其核心功能是基于Mann-Whitney U统计量进行基因特征评分。UCell能够对大规模数据集（超过10万个细胞）进行快速而稳健的处理，并且与其他稳健方法相比，它所需的计算时间和内存较少，这使得处理大型数据集成为可能。

项目技术分析

UCell的核心算法采用非参数的Mann-Whitney U测试，它能有效地评估基因签名在不同细胞群体中的表达差异，而不受数据集大小和异质性的影响。此外，新版本允许指定正负基因集合，从而提供了更灵活的评分策略。通过这种方式，可以计算出一个综合得分，即UCell分数，它考虑了正向和负向基因集的贡献。

应用场景

UCell广泛适用于任何细胞与基因矩阵的数据，特别适合于单细胞转录组学研究。例如：

1. 对比不同细胞类型或状态的基因表达模式，如识别肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的不同亚型。
2. 分析疾病进程中细胞状态的变化。
3. 监控药物治疗反应，确定靶点基因的激活或抑制程度。

此外，UCell无缝集成Seurat和SingleCellExperiment对象，使得与现有工作流程的整合更加顺畅。

项目特点

1. 鲁棒性：即使在大规模和复杂数据集中，也能提供稳定的评分结果。
2. 高效性：较低的计算资源需求，支持处理大量细胞数据。
3. 灵活性：支持设定正负基因标志，以适应不同的生物学问题。
4. 易用性：提供详细的示例教程和直接与流行单细胞分析软件Seurat交互的功能。

要尝试UCell，只需按照提供的安装指南安装包，并运行演示代码来熟悉其功能。这个强大的工具将使你的单细胞数据分析变得更加容易和精确。

# 安装UCell包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("UCell")

# 测试安装
library(UCell)
data(sample.matrix)
gene.sets <- list(Tcell_signature = c("CD2","CD3E","CD3D"),
                  Myeloid_signature = c("SPI1","FCER1G","CSF1R"))
scores <- ScoreSignatures_UCell(sample.matrix, features=gene.sets)
head(scores)

对于希望深入了解UCell特性和应用的用户，还可以参考提供的示例和教程。让我们一起探索UCell如何助力您的科学研究吧！

单细胞基因特征评分与UCell

使用UCell与Seurat对象

使用UCell和Seurat识别人类肿瘤中不同T细胞亚型/状态

最后，请引用以下文献，以支持开发团队的工作：

UCell: robust and scalable single-cell gene signature scoring. Massimo Andreatta & Santiago J Carmona (2021) CSBJ https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.06.043

UCellGene set scoring for single-cell data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/uc/UCell