NCBI Genome Download 项目推荐

NCBI Genome Download 项目推荐

ncbi-genome-download Scripts to download genomes from the NCBI FTP servers 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/nc/ncbi-genome-download

1. 项目基础介绍和主要编程语言

NCBI Genome Download 是一个用于从NCBI FTP服务器下载基因组数据的Python脚本项目。该项目由kblin开发并维护，旨在简化从NCBI下载细菌和真菌基因组的过程。项目的主要编程语言是Python，支持Python 3.7及以上版本。

2. 项目核心功能

该项目的主要功能包括：

• 基因组下载：支持从NCBI下载细菌和真菌的基因组数据，包括RefSeq和GenBank格式。
• 多格式支持：可以下载多种格式的基因组数据，如FASTA、assembly-report等。
• 多组支持：支持同时下载多个基因组组，如细菌、病毒等。
• 过滤功能：可以根据基因组的完成度、分类级别、参考类别等进行过滤下载。
• 并行下载：支持多线程并行下载，提高下载效率。

3. 项目最近更新的功能

最近更新的功能包括：

• 模糊匹配：新增了 --fuzzy-genus 选项，允许用户进行模糊匹配，以便更灵活地匹配基因组名称。
• 类型材料过滤：新增了 --type-materials 选项，允许用户根据“relation to type material”列进行过滤下载。
• 人类可读目录结构：新增了 --human-readable 选项，可以在下载基因组数据的同时创建人类可读的目录结构。
• 干运行模式：新增了 --dry-run 选项，允许用户在不实际下载的情况下查看哪些基因组将被下载。

这些更新进一步增强了项目的功能性和灵活性，使其能够更好地满足用户的需求。

ncbi-genome-download Scripts to download genomes from the NCBI FTP servers 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/nc/ncbi-genome-download