ncbi-genome-download 项目使用教程

ncbi-genome-download 项目使用教程

ncbi-genome-downloadScripts to download genomes from the NCBI FTP servers项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/nc/ncbi-genome-download

1. 项目的目录结构及介绍

ncbi-genome-download 项目的目录结构如下：

ncbi-genome-download/
├── CITATION.cff
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── Makefile
├── README-CN.md
├── README.md
├── ncbi-genome-download-runner.py
├── publish.sh
├── requirements.txt
├── setup.cfg
├── setup.py
└── tests/
    └── coveragerc

目录结构介绍

• CITATION.cff: 引用文件，用于指导如何引用该项目。
• LICENSE: 许可证文件，该项目使用 Apache-2.0 许可证。
• MANIFEST.in: 清单文件，用于指定在打包时包含的文件。
• Makefile: 用于构建和测试项目的 Makefile。
• README-CN.md: 中文版的 README 文件。
• README.md: 英文版的 README 文件。
• ncbi-genome-download-runner.py: 项目的启动文件。
• publish.sh: 用于发布项目的脚本。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• setup.cfg: 项目的配置文件。
• setup.py: 用于安装项目的脚本。
• tests/: 包含项目的测试文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 ncbi-genome-download-runner.py。该文件主要用于启动和运行 ncbi-genome-download 脚本，以便从 NCBI 下载细菌和真菌的基因组。

启动文件功能

• 提供命令行接口，允许用户指定下载的基因组类型、格式等参数。
• 调用内部逻辑，从 NCBI FTP 服务器下载指定的基因组数据。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 setup.cfg。该文件包含了项目的各种配置信息，如包的元数据、测试配置等。

配置文件内容

• metadata: 包含项目的名称、版本、作者等信息。
• options: 包含安装选项，如需要安装的包、脚本等。
• options.extras_require: 额外的依赖包。
• tool:pytest: 测试相关的配置。

通过这些配置，可以确保项目在安装和运行时能够正确地获取所需的依赖和参数。

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以上是 ncbi-genome-download 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。

ncbi-genome-downloadScripts to download genomes from the NCBI FTP servers项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/nc/ncbi-genome-download