LAMMPS 服务器安装过程

由于我之前已经在服务器里装好了gromacs和NAMD，因此openmpi fftw等都已经装好了。

假装所有的依赖包都没有安装，那么在root权限下输入下面的命令：
apt-get install gcc
apt-get install g++
apt-get install mpi-default-*
apt-get install libfftw3*
即可把这些包都安装好。

直接安装lammps
tar -xvf lammps-stable.tar.gz

cd lammps-3Mar20/src/MAKE/MACHINES

把Makefile.ubuntu复制到 src/MAKE 目录下：
cp Makefile.ubuntu …/
cd …
可以看到此时 lammps-3Mar20/src/MAKE目录下有下面三个Makefile文件：
Makefile.mpi Makefile.serial Makefile.ubuntu

我的ubuntu服务器不需要输出图片，因此在目录 lammps-3Mar20/src/MAKE 内的Makefile.ubuntu 里把 jpg 有关的行都注释掉。

cd …/
到lammps-3Mar20/src/目录下执行
make package-status
查看有哪些包是yes态和no态；yes表示安装，no表示不安装。用make yes-包名或make no-包名， 加载/取消你安装的包。选择自己必要的包就行了,特别注意，选择了需要的包，也得跟自己的电脑支持情况对应。
我的选择有：
make no-REAX
make no-GPU
make no-MEAM
make no-USER-SMD
make yes-KSPACE
make yes-MOLECULE
make yes-RIGID
make yes-USER-REAXC
make yes-USER-MISC
make yes-SHOCK
make yes-MANYBODY
make yes-CLASS2
make yes-MC
make yes-USER-MEAMC

再查看是否yes了
make package-status

在目录lammps-3Mar20/src/下执行
make ubuntu
命令，等待安装，经过漫长的安装过程之后，屏幕提示生成 lmp_ubuntu ，即安装好了。
此文件在目录lammps-3Mar20/src 内。

并把lmp_ubuntu复制到目录：/usr/local/bin 内
cp lmp_ubuntu /usr/local/bin

安装完成后设置环境变量
sudo vim /etc/profile

#在文件中加入如下内容
export PATH=/usr/local/bin:$PATH

#保存关闭文件后执行
source /etc/profile

那么并行版的lammps就安装好了，安装目录在/usr/local/bin
在其他目录下可以直接输入 lmp_ubuntu 的后续命令了。

which lmp_ubuntu
结果显示：
/usr/local/bin/lmp_ubuntu

成功了。