miRanda安装与使用

一、安装miRanda

1、conda安装

conda install bioconda::miranda

后续安装过程中出现y/n，都输入y即可。

最后可以用miranda --help 来检验是否安装完成，如果安装好会出现如下内容

2、手动安装

步骤一：下载miRanda

使用 wget 或直接从 GitHub 下载 miRanda 的源码包：

wget https://github.com/mirmagic/Miranda/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
cd Miranda-master

步骤二：编译 miRanda

make PREFIX=$HOME/miranda_install

步骤三：设置环境变量（选择性） 

为了在命令行中方便地使用 miRanda，需要将安装目录添加到你的 PATH 环境变量中：

export PATH=$HOME/miranda_install/bin:$PATH

 将以上命令添加到 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件中，以便在每次登录时自动设置环境变量：

echo 'export PATH=$HOME/miranda_install/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

上述path的路径你可以用pwd来看自己安装在哪，再换上去进行环境配制。

pwd

步骤四：测试安装

验证安装是否成功：

miranda --version

如果看到版本信息，说明安装成功。

二、使用 miRanda

1、准备输入文件

• miRNA 序列: 需要一个包含 miRNA 序列的 FASTA 格式文件，命名为 miRNA.fasta。
• mRNA 序列: 需要一个包含 mRNA 序列的 FASTA 格式文件，命名为 mRNA.fasta。

2、运行 miRanda

使用以下命令运行 miRanda 进行 miRNA 和 mRNA 的相互作用预测：

./miranda miRNA.fasta mRNA.fasta -out results.txt

• miRNA.fasta: 你的 miRNA 序列文件。
• mRNA.fasta: 你的 mRNA 序列文件。
• -out results.txt: 预测结果将保存在 results.txt 文件中。

3、查看结果

打开 results.txt 文件，查看 miRNA 和 mRNA 之间的相互作用结果。结果通常包含以下信息：

• miRNA 和 mRNA 的名称。
• 匹配位置。
• 能量（结合自由能）。
• 得分（结合的评分）。

查看结果，可以用grep来提取关键的靶标信息，最后再根据各项匹配值，来筛选你想要的靶标信息。

grep “>”  results.txt > results_filt.txt

4、高级选项

你可以通过增加命令行参数来调整 miRanda 的运行参数。例如，调整得分阈值和能量阈值：

./miranda miRNA.fasta mRNA.fasta -sc 150 -en -20 -out results.txt

• -sc 150: 设置得分阈值为 150（默认是 140）。
• -en -20: 设置能量阈值为 -20 kcal/mol（默认是 -20）。

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