一、安装miRanda
1、conda安装
conda install bioconda::miranda
后续安装过程中出现y/n,都输入y即可。
最后可以用miranda --help 来检验是否安装完成,如果安装好会出现如下内容
2、手动安装
步骤一:下载miRanda
使用 wget
或直接从 GitHub 下载 miRanda 的源码包:
wget https://github.com/mirmagic/Miranda/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
cd Miranda-master
步骤二:编译 miRanda
make PREFIX=$HOME/miranda_install
步骤三:设置环境变量(选择性)
为了在命令行中方便地使用 miRanda,需要将安装目录添加到你的 PATH
环境变量中:
export PATH=$HOME/miranda_install/bin:$PATH
将以上命令添加到 ~/.bashrc
或 ~/.bash_profile
文件中,以便在每次登录时自动设置环境变量:
echo 'export PATH=$HOME/miranda_install/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
上述path的路径你可以用pwd来看自己安装在哪,再换上去进行环境配制。
pwd
步骤四:测试安装
验证安装是否成功:
miranda --version
如果看到版本信息,说明安装成功。
二、使用 miRanda
1、准备输入文件
- miRNA 序列: 需要一个包含 miRNA 序列的 FASTA 格式文件,命名为
miRNA.fasta
。 - mRNA 序列: 需要一个包含 mRNA 序列的 FASTA 格式文件,命名为
mRNA.fasta
。
2、运行 miRanda
使用以下命令运行 miRanda 进行 miRNA 和 mRNA 的相互作用预测:
./miranda miRNA.fasta mRNA.fasta -out results.txt
miRNA.fasta
: 你的 miRNA 序列文件。mRNA.fasta
: 你的 mRNA 序列文件。-out results.txt
: 预测结果将保存在results.txt
文件中。
3、查看结果
打开 results.txt
文件,查看 miRNA 和 mRNA 之间的相互作用结果。结果通常包含以下信息:
- miRNA 和 mRNA 的名称。
- 匹配位置。
- 能量(结合自由能)。
- 得分(结合的评分)。
查看结果,可以用grep来提取关键的靶标信息,最后再根据各项匹配值,来筛选你想要的靶标信息。
grep “>” results.txt > results_filt.txt
4、高级选项
你可以通过增加命令行参数来调整 miRanda 的运行参数。例如,调整得分阈值和能量阈值:
./miranda miRNA.fasta mRNA.fasta -sc 150 -en -20 -out results.txt
-sc 150
: 设置得分阈值为 150(默认是 140)。-en -20
: 设置能量阈值为 -20 kcal/mol(默认是 -20)。
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