miRDeep2使用指南：miRNA-seq数据

一、miRDeep2软件安装

有3种方法，个人建议用方法一conda来安装，可以省去很多环境配制的麻烦！！！！

方法一：conda installation

 方法二：wget安装下载

（参考 mirdeep2使用笔记_mirdeep2 小马颠颠_Candle_light的博客-CSDN博客 ）

## 下载和解压
wget https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.3.tar.gz
tar -xvzf v0.1.3.tar.gz
## 然后安装,软件会自动安装
# source ~/.bashrc (此步骤根据软件提示而定)
perl install.pl

 方法三：git clone安装下载

（参考 使用mirDeep2进行miRNA-seq数据分析_徐洲更hoptop的博客-CSDN博客 ）

## 下载
git clone https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2.git mirdeep2.0.1.2
cd mirdeep2.0.1.2/
## 使用install.pl脚本安装
perl install.pl

 二、使用方法

用miRDeep2文件夹里自带的tutorial_dir数据集作为例子：

文件名称	解释说明
cel_cluster.fa	参考物种的基因组文件
mature_ref_this_species.fa	研究物种的成熟miRNA文件
mature_ref_other_species.fa	其他物种相关