从官网NCBI下载的sra数据,自己需要解压成fastq文件才能继续后面的分析,我一直用fastq-dump软件。但是最近解压双端数据出现了报错:unrecognized option: '--split-3'。
显示了unrecognized option: '--split-3',其实这个报错表明的是原始数据可能是单端测序数据,但是由于使用了命令fastq-dump --split-3参数,此参数是针对于双端测序数据的,如果是单端测序数据则会报错
运行命令:
fastq-dump --gzip SRR19176837
生成了结果文件,表明运行成功。
注:加上了--gzip参数,主要是压缩文件,方便后面的分析和节省时间。