Fastq文件的获取 (sratoolkit 工具)

Fastq文件的获取

author:CYH-BI

date:2023.10.25

Fastq文件得获取 ,可以从NCBI获取，也可以自己测序得到结果，下面介绍从网上获取数据。

linux 下安装SRA Toolkit工具

2023.3.24

1、NCBI 官网查看工具地址，并下载安装包

具体操作步骤如下：

• 打开NCBI 官网

  

• 点击Download Tools并进入

  

• 找到SRA Toolskit

• 会转跳到github ,复制下载连接，后续使用Linux wget 命令下载

  

• 打开Linux 总端，使用wget 命令下载

  wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz
  

2、解压sratoolkit.3.0.7 安装包.。注意包名称，我们的不一定一样（不同版本不一样）

tar xvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz

3、查看有无安装成功（如果软件含有bin目录，大多情况下配置环境时路径需要精确到bin）

cd /home/cyh/sratoolkit/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin #看看能不能打开bin

4、配置SRA Toolkit工具环境

nano ~/.bashrc  #编辑.bashrc文件 或者是 vim /etc/.bashrc

export PATH="/home/cyh/sratoolkit/sratoolkit.3.0.7-linux64/bin：$PATH"  #最后一行输入
#编辑结束后按CTRL+C保存，按提示后按回车
# 格式：export PATH="<路径>：$PATH" ;路径要精确到bin
#注意：你的全路径。是你的，不是我的。
#注意：你的全路径。是你的，不是我的。
#注意：你的全路径。是你的，不是我的。
source ~/.bashrc  #重启文件

SRA Toolkit 工具的目的是下载NCBI未处理的SRA数据，还能将SRA文件处理成fastq文件

使用SRA Toolkit工具下载SRA数据

1、使用命令下载感兴趣的数据，SRA Toolkit 工具有个命令可以稳定下载数据，就是有点慢，但是稳定。

[root@localhost sra_data]# prefetch SRR12415658  ##以SRR12415658为例

以SRR12415658数据为例：

建议使用后台下载：（如果是服务器，后台下载不会因为连接中断而中断，除非服务器网断了）

nohup prefetch SRR12415658 &   

对于多个数据下载：（方法多种多样，可以自己写循环）

2、下载后，使用fastq-dump拆分sra数据，转变为fastq格式数据

fastq-dump --split-3 SRR12415658.sra

--split-3表示双端测序

加以加上 -O 参数，不加就会下到sra 里面(好像在SRA Toolkit里，忘记了，上次找了好久)。

fastq-dump --split-3 SRR12415658.sra -O /home/cyh/Desktop/sra

将结果输出到 /home/cyh/Desktop/fastq ，（文件你得先有）

3、还需了解其他参数，可以使用 -h参数。比如，如果你需要将文件输出到其他地方，加个 -O参数。

fastq-dump -h

后续可以得到两个fastq文件 ，用于后续FastQC 质控。