BLUP值估算

1.BLUP值的概念：

指按照特定模型去除环境效应后获得一个估计值进行分析，最常用的方法就是BLUP(Best Linear Unbiased Predicted)，也称为最佳无偏线性估计。

对于多年多点的表型性状数据：

1）每年可以单独进行分析

2）取mean值作为性状值进行分析

3）取BLUP值作为代表进行分析

2. 特点：

BLUP值进行gwas关联分析的结果与表型性状的遗传力大小密切相关，当遗传力高时，选用BLUP值和均值进行关联分析结果的差异不大；当遗传力较低时，二者的结果差异很大。因此，针对于遗传力低的性状选用BLUP值进行关联分析的结果相比于均值的结果更为可靠。

计算估算如下：

> brixblup = ranef(mod1)$Line
> head(brixblup)
         (Intercept)
SCT_0001 -0.13628589
SCT_0002 -0.14944411
SCT_0003 -0.05347823
SCT_0004 -0.03878384
SCT_0005  1.13568896
SCT_0006  0.49028454
> write.csv(brixblup,"brixblup.csv")

• 一般来说, 多年多点分析中, 我们将地点, 年份, 地点:年份, 地点:年份:重复作为规定因子, 品种, 品种与地点, 品种与年份, 品种与地点与年份作为随机因子. 文章中将所有因子都作为随机因子, 太过武断.

引用于blup值计算.