BED 文件格式
BED (Browser Extensible Data)格式文件就是通过规定行的内容来展示注释信息.
- BED文件每行至少包括chrom,chromStart,chromEnd三列;另外还可以添加额外的9列,这些列的顺序是固定的。
- 在自定义BED文件时,前面可以有注释行,以“browser”或“track”开头,可以设置一些参数便于浏览器更好展示BED文件信息。但是,下游的一些分析工具,例如bedToBigBed,是不接受有注释的BED文件的。
BED文件必须的3列:
- chrom - 染色体号; 例如,chr1,chrX,…
- chromStart - feature在染色体上起始位置. 从0开始算,染色体上第一个碱基位置标记为0.
- chromEnd - feature在染色体上终止位置。染色体上前100个碱基片段的位置位置标记为:chromStart=0, chromEnd=100。 实际上,第100个碱基不属于当前片段中,当前片段的碱基应该是0-99。所以在BED文件中,起始位置从0开始,终止位置从1开始。
BED文件可选的9列:
- name - BED行名,在基因组浏览器左边显示;
- score - 在基因组浏览器中显示的灰度设定,值介于0-1000;
- strand - 正负链标记. Either “.” (=no strand) or “+” or “-”.
- thickStart - feature起始位置(for example, the start codon in genedisplays)。 When there is no thick part, thickStart and thickEnd are usually set to the chromStart position.
- thickEnd - feature编码终止位置 (for example the stop codon in gene displays).
- itemRgb - R,G,B (e.g. 255,0,0)值,当itemRgb 设置为 “On”,BED的行会显示颜色.
- blockCount - blocks (exons)数目.
- blockSizes - blocks (exons)大小列表,逗号分隔,对应于blockCount.
- blockStarts -blocks (exons)起始位置列表,逗号分隔,对应于blockCount.;这个起始位置是与chromStart的一个相对位置。