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RSS订阅原创 文献阅读记录6-Toward computer-made artificial antibiotics
这些新肽的活性比野生型更强。该研究结果表明，机器学习能够提供工具，加速发现具有良好抗菌活性的AMPs，允许探索结构模式，并指示特定描述符如何影响生物活性。基于机器学习的设计模型还可以用于创建具有特定。
2024-11-02 22:57:46
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原创 文献阅读记录5-Recent Progress in the Discovery and Design of AntimicrobialPeptides
由于传统抗生素的滥用和多重耐药微生物的增加，抗菌药物耐药性已成为一个全球性的重大健康问题。抗菌肽（AMPs）是一类天然存在的多肽，因其对宿主的低毒性、广泛的生物活性（包括抗菌、抗真菌、抗病毒和抗寄生虫活性）以及巨大的治疗潜力（如抗癌、抗炎等），有望成为下一代抗生素。最重要的是，抗菌肽通过多种作用机制破坏细胞膜来杀死细菌，而不是针对单一分子或途径，这使得细菌难以产生耐药性。然而，用于发现和设计新抗菌肽的实验方法非常昂贵且耗时。近年来，人们对使用计算机模拟方法进行药物发现产生了浓厚兴趣。
2024-10-27 20:20:26
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原创 阅读记录4-Advances in Antimicrobial Peptide Discovery via MachineLearning and Delivery via Nanotechnolo
正如前面讨论的那样，机器学习是一种节省时间的技术，能够执行任务，如预测AMP，无需人工编程并能通过修改算法来适应任务需求。这些技术被用于AMP序列的预测，以获得独特的性质，从而避免AMP可能存在的问题。例如，机器学习可用于开发无溶血性的AMPs，这是其在治疗应用中的限制。总的来说，随着对机器学习的了解不断加深，这项技术能够帮助缓解实验室中遇到的问题。
2024-10-21 02:10:05
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原创 文献阅读记录3-Machine Learning Prediction of Antimicrobial Peptides
抗生素耐药性构成全球威胁，一项战略是开发新一代抗菌素，天然抗菌肽(AMPs)是公认的模板，其中一些已经在临床使用。为了加速新抗生素的发现，从各种生物体的基因组测序中预测新的抗菌肽是有用的。抗菌肽数据库(APD)提供了第一个经验肽预测程序。它还促进了第一批机器学习算法的测试。本文概述了amp的机器学习预测。大多数预测因子，如AntiBP、CAMP和iAMPpred，都涉及对抗菌活性的单标签预测，这种类型的预测已经扩展到抗真菌、抗病毒、抗生物膜、抗结核、溶血和抗炎肽。在APD中注释的amp的多种功能作用也使多标
2024-10-13 21:49:31
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原创 文章阅读记录2-Machine learning for antimicrobial peptide identification and design
人工智能(AI)和机器学习(ML)模型最近已进入药物发现领域。鉴于抗菌素耐药性日益普遍，以及抗生素开发所固有的挑战，迫切需要加快设计新的抗菌素疗法。抗菌肽(AMPs)是治疗细菌感染的药物，但由于毒性、稳定性差、细胞渗透有限和成本高等问题，其临床应用缓慢。人工智能和机器学习的最新进展使研究者在预测生物分子特性和结构以及生成新分子方面的能力取得突破。基于ML的多肽建模可以克服与传统药物发现相关的一些缺点，并有助于amp的快速开发。
2024-10-08 00:04:33
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原创 论文阅读记录1-What can machine learning do for antimicrobial peptides, and what can antimicrobial peptides
AMP往往具有较短的氨基酸序列(小于50个氨基酸)、净阳离子(+2到+9)和两亲性。AMPs通常分为三类:a-螺旋AMPs ， β-折叠AMPs和富含特定氨基酸的延伸线性肽。虽然amp通常是两亲性的，具有极性和疏水残基的分离基团，但一大类amp可以形成a-螺旋结构，其极性(带电)和疏水残基沿螺旋轴排列在相反的面上，从而形成表面两亲性，残基的这种独特表现形式通常被描述为“两亲性”。体外实验表明，抗菌肽通常通过选择性破坏微生物膜发挥作用，菌活性通常依赖于amp与细菌膜之间的相互作用。
2024-09-27 23:06:53
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原创 生信小白记录4-宏基因组上游分析流程记录和常用工具说明
依赖性：有参分析依赖于参考基因组，无参分析不依赖。准确性和效率：有参分析通常更准确且高效，而无参分析虽然全面但计算资源需求更高。发现能力：无参分析有更好的发现未知微生物和新基因的能力，而有参分析可能会忽略这些信息。
2024-07-15 22:33:28
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原创 生信小白记录3-搭建上游平台踩坑记录（SNV注释）
首先，运行一条命令对输入文件进行注释，然后使用注释结果运行另一条命令。参数 -m diamond 指定使用 Diamond 进行注释，--no_annot 不生成注释文件，--no_file_comments 不在输出文件中添加注释，-cpu 28 指定线程数，-data_dir 指定数据库目录。参数 -t 28 指定线程数，-r 指定参考 contig 文件，--coupled 指定输入 paired-end 测序数据，--bam-file-cache-directory 指定 BAM 文件缓存目录。
2024-07-15 18:02:02
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原创 生信小白记录2-对比基因组查询菌种包含基因（功能）
GCF是RefSeq（ncbi指定参考基因组），GCA是GenBank，GCF可能更可靠一些（F ：reference sequences；A ：Assembly）解压点进去找到faa文件，记得也改名 改成下载页面的。进入文件夹：cd /home/stu_6/运行注释命令：emapper.py -i。挑一个标准菌株，这里随便选了一个打勾的。文件拉到服务器/home/stu_6/下。不要留空格，用_代替。
2024-07-15 17:52:55
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原创 生信小白记录1-文件格式
**格式**：每条序列由四行组成：序列标识符、序列本身、质量标识符（通常是一个 "+" 号）、质量分数。- **扩展名**：`.fasta`, `.fa`, `.fna`（核酸序列）, `.faa`（蛋白质序列）- **扩展名**：`.gtf`, `.gff`, `.gff3`- **描述**：存储生物序列信息（DNA、RNA、蛋白质）。- **扩展名**：`.vcf`, `.bcf`（二进制形式）- **扩展名**：`.fastq`, `.fq`- **扩展名**：`.sam`, `.bam`
2024-07-15 17:46:54
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原创 nni自动调参工具踩坑记录
每次都fail，但是代码能正常运行，可以到C:\Users\用户名\nni-experiments\实验ID\trials\子ID路径中查看stderr文件了解报错信息。
2023-03-30 14:15:41
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原创 1023 组个最小数(python)
给定数字 0-9 各若干个。你可以以任意顺序排列这些数字，但必须全部使用。目标是使得最后得到的数尽可能小（注意 0 不能做首位）。例如：给定两个 0，两个 1，三个 5，一个 8，我们得到的最小的数就是 10015558。现给定数字，请编写程序输出能够组成的最小的数。输入格式：输入在一行中给出 10 个非负整数，顺序表示我们拥有数字 0、数字 1、……数字 9 的个数。整数间用一个空格分隔。10 个数字的总个数不超过 50，且至少拥有 1 个非 0 的数字。输出格式：在一行中输出能够组成
2022-03-07 15:45:26
179
原创 1022 D进制的A+B（python）
输入两个非负 10 进制整数 A 和 B (≤230−1)，输出 A+B 的 D (1<D≤10)进制数。输入格式：输入在一行中依次给出 3 个整数 A、B 和 D。输出格式：输出 A+B 的 D 进制数。输入样例：123 456 8输出样例：1103我的代码：a,b,d= [int(x) for x in input().split()]x=a+bmax=0res=[0]*31while x!=0: i=0 while d**.
2022-03-07 15:21:46
1056
原创 1021 个位数统计(python)
给定一个 k 位整数 N=dk−110k−1+⋯+d1101+d0 (0≤di≤9, i=0,⋯,k−1, dk−1>0)，请编写程序统计每种不同的个位数字出现的次数。例如：给定 N=100311，则有 2 个 0，3 个 1，和 1 个 3。输入格式：每个输入包含 1 个测试用例，即一个不超过 1000 位的正整数 N。输出格式：对 N 中每一种不同的个位数字，以 D:M 的格式在一行中输出该位数字 D 及其在 N 中出现的次数 M。要求按 D 的升序输出。输入样例：
2022-03-07 14:38:40
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原创 1020 月饼（python）
月饼是中国人在中秋佳节时吃的一种传统食品，不同地区有许多不同风味的月饼。现给定所有种类月饼的库存量、总售价、以及市场的最大需求量，请你计算可以获得的最大收益是多少。注意：销售时允许取出一部分库存。样例给出的情形是这样的：假如我们有 3 种月饼，其库存量分别为 18、15、10 万吨，总售价分别为 75、72、45 亿元。如果市场的最大需求量只有 20 万吨，那么我们最大收益策略应该是卖出全部 15 万吨第 2 种月饼、以及 5 万吨第 3 种月饼，获得 72 + 45/2 = 94.5（亿元）。输入
2022-03-07 14:24:14
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原创 1019 数字黑洞(python)
给定任一个各位数字不完全相同的 4 位正整数，如果我们先把 4 个数字按非递增排序，再按非递减排序，然后用第 1 个数字减第 2 个数字，将得到一个新的数字。一直重复这样做，我们很快会停在有“数字黑洞”之称的6174，这个神奇的数字也叫 Kaprekar 常数。例如，我们从6767开始，将得到7766 - 6677 = 10899810 - 0189 = 96219621 - 1269 = 83528532 - 2358 = 61747641 - 1467 = 6174... ....
2022-03-07 11:01:32
362
原创 1017 A除以B(python)
本题要求计算A/B，其中A是不超过 1000 位的正整数，B是 1 位正整数。你需要输出商数Q和余数R，使得A=B×Q+R成立。输入格式：输入在一行中依次给出A和B，中间以 1 空格分隔。输出格式：在一行中依次输出Q和R，中间以 1 空格分隔。输入样例：123456789050987654321 7输出样例：17636684150141093474 3我的代码：[A,B]= [int(x) for x in input().spl...
2022-03-07 08:55:31
2014
原创 1016 部分A+B (python)
正整数A的“DA（为 1 位整数）部分”定义为由A中所有DA组成的新整数PA。例如：给定A=3862767，DA=6，则A的“6 部分”PA是 66，因为A中有 2 个 6。现给定A、DA、B、DB，请编写程序计算PA+PB。输入格式：输入在一行中依次给出A、DA、B、DB，中间以空格分隔，其中0<A,B<109。输出格式：在一行中输出PA+PB的值。输入样例 1：3862767 6 13530293 ...
2022-03-04 15:39:02
360
原创 1007 素数对猜想(python)
让我们定义dn为：dn=pn+1−pn，其中pi是第i个素数。显然有d1=1，且对于n>1有dn是偶数。“素数对猜想”认为“存在无穷多对相邻且差为2的素数”。现给定任意正整数N(<105)，请计算不超过N的满足猜想的素数对的个数。
2022-03-04 14:58:14
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原创 1014 福尔摩斯的约会（python）
大侦探福尔摩斯接到一张奇怪的字条：我们约会吧！ 3485djDkxh4hhGE 2984akDfkkkkggEdsb s&hgsfdk d&Hyscvnm大侦探很快就明白了，字条上奇怪的乱码实际上就是约会的时间星期四 14:04，因为前面两字符串中第 1 对相同的大写英文字母（大小写有区分）是第 4 个字母D，代表星期四；第 2 对相同的字符是E，那是第 5 个英文字母，代表一天里的第 14 个钟头（于是一天的 0 点到 23 点由数字 0 到 9、以及大写字母A...
2022-03-04 09:53:30
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原创 1013 数素数（python）
令Pi表示第i个素数。现任给两个正整数M≤N≤104，请输出PM到PN的所有素数。输入格式：输入在一行中给出M和N，其间以空格分隔。输出格式：输出从PM到PN的所有素数，每 10 个数字占 1 行，其间以空格分隔，但行末不得有多余空格。输入样例：5 27输出样例：11 13 17 19 23 29 31 37 41 4347 53 59 61 67 71 73 79 83 8997 101 103我的代码 （测试点4运行...
2022-03-04 09:52:08
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原创 1012 数字分类 （python）
给定一系列正整数，请按要求对数字进行分类，并输出以下 5 个数字：A1= 能被 5 整除的数字中所有偶数的和； A2= 将被 5 除后余 1 的数字按给出顺序进行交错求和，即计算n1−n2+n3−n4⋯； A3= 被 5 除后余 2 的数字的个数； A4= 被 5 除后余 3 的数字的平均数，精确到小数点后 1 位； A5= 被 5 除后余 4 的数字中最大数字。输入格式：每个输入包含 1 个测试用例。每个测试用例先给出一个不超过 1000 的正整数N，随后...
2022-03-04 09:48:58
140
原创 1011 A+B 和 C（python）
给定区间 [−231,231] 内的 3 个整数A、B和C，请判断A+B是否大于C。输入格式：输入第 1 行给出正整数T(≤10)，是测试用例的个数。随后给出T组测试用例，每组占一行，顺序给出A、B和C。整数间以空格分隔。输出格式：对每组测试用例，在一行中输出Case #X: true如果A+B>C，否则输出Case #X: false，其中X是测试用例的编号（从 1 开始）。输入样例：41 2 32 3 42147483647 0...
2022-03-03 13:13:09
460
原创 1010 一元多项式求导（python）
设计函数求一元多项式的导数。（注：xn（n为整数）的一阶导数为nxn−1。）输入格式:以指数递降方式输入多项式非零项系数和指数（绝对值均为不超过 1000 的整数）。数字间以空格分隔。输出格式:以与输入相同的格式输出导数多项式非零项的系数和指数。数字间以空格分隔，但结尾不能有多余空格。注意“零多项式”的指数和系数都是 0，但是表示为 0 0。输入样例:3 4 -5 2 6 1 -2 0输出样例:12 3 -10 1 6 0我的代码：list1=[int(x)
2022-03-03 13:12:25
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原创 1009 说反话（python）
给定一句英语，要求你编写程序，将句中所有单词的顺序颠倒输出。输入格式：测试输入包含一个测试用例，在一行内给出总长度不超过 80 的字符串。字符串由若干单词和若干空格组成，其中单词是由英文字母（大小写有区分）组成的字符串，单词之间用 1 个空格分开，输入保证句子末尾没有多余的空格。输出格式：每个测试用例的输出占一行，输出倒序后的句子。样例：">输入样例：Hello World Here I Come输出样例：Come I Here World Hello我的代码
2022-03-03 13:10:40
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原创 1008 数组元素循环右移问题（python）
一个数组A中存有N（>0）个整数，在不允许使用另外数组的前提下，将每个整数循环向右移M（≥0）个位置，即将A中的数据由（A0A1⋯AN−1）变换为（AN−M⋯AN−1A0A1⋯AN−M−1）（最后M个数循环移至最前面的M个位置）。如果需要考虑程序移动数据的次数尽量少，要如何设计移动的方法？输入格式:每个输入包含一个测试用例，第1行输入N（1≤N≤100）和M（≥0）；第2行输入N个整数，之间用空格分隔。输出格式:在一行中输出循环右移M位以后的整数序列，之间用空格分隔，序
2022-03-03 13:09:46
195
原创 1006 换个格式输出整数（python）
让我们用字母B来表示“百”、字母S表示“十”，用12...n来表示不为零的个位数字n（<10），换个格式来输出任一个不超过 3 位的正整数。例如234应该被输出为BBSSS1234，因为它有 2 个“百”、3 个“十”、以及个位的 4。输入格式：每个测试输入包含 1 个测试用例，给出正整数n（<1000）。输出格式：每个测试用例的输出占一行，用规定的格式输出n。输入样例 1：234输出样例 1：BBSSS1234输入样例 2：...
2022-03-03 12:59:08
247
原创 1005 继续(3n+1)猜想（python）
卡拉兹(Callatz)猜想已经在1001中给出了描述。在这个题目里，情况稍微有些复杂。当我们验证卡拉兹猜想的时候，为了避免重复计算，可以记录下递推过程中遇到的每一个数。例如对n=3进行验证的时候，我们需要计算 3、5、8、4、2、1，则当我们对n=5、8、4、2 进行验证的时候，就可以直接判定卡拉兹猜想的真伪，而不需要重复计算，因为这 4 个数已经在验证3的时候遇到过了，我们称 5、8、4、2 是被 3“覆盖”的数。我们称一个数列中的某个数n为“关键数”，如果n不能被数列中的其他数字所覆...
2022-03-03 12:57:58
181
原创 1004 成绩排名（python）
读入n（>0）名学生的姓名、学号、成绩，分别输出成绩最高和成绩最低学生的姓名和学号。输入格式：每个测试输入包含 1 个测试用例，格式为第 1 行：正整数 n第 2 行：第 1 个学生的姓名 学号 成绩第 3 行：第 2 个学生的姓名 学号 成绩 ... ... ...第 n+1 行：第 n 个学生的姓名 学号 成绩其中姓名和学号均为不超过 10 个字符的字符串，成绩为 0 到 100 之间的一个整数，这里保证在一组测试用例中没有两个学生的成绩是相同的。输出格式：.
2022-03-03 12:55:55
287
原创 1001 害死人不偿命的(3n+1)猜想（python）
卡拉兹(Callatz)猜想：对任何一个正整数n，如果它是偶数，那么把它砍掉一半；如果它是奇数，那么把(3n+1)砍掉一半。这样一直反复砍下去，最后一定在某一步得到n=1。卡拉兹在 1950 年的世界数学家大会上公布了这个猜想，传说当时耶鲁大学师生齐动员，拼命想证明这个貌似很傻很天真的命题，结果闹得学生们无心学业，一心只证(3n+1)，以至于有人说这是一个阴谋，卡拉兹是在蓄意延缓美国数学界教学与科研的进展……我们今天的题目不是证明卡拉兹猜想，而是对给定的任一不超过 1000 的正整数n，...
2022-03-03 12:54:09
164
原创 1002 写出这个数（python）
读入一个正整数n，计算其各位数字之和，用汉语拼音写出和的每一位数字。输入格式：每个测试输入包含 1 个测试用例，即给出自然数n的值。这里保证n小于10100。输出格式：在一行内输出n的各位数字之和的每一位，拼音数字间有 1 空格，但一行中最后一个拼音数字后没有空格。输入样例：1234567890987654321123456789输出样例：yi san wu我的代码：number=int(input())numb=0num=0numl=...
2022-03-03 12:52:31
207
空空如也
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