生信小白记录2-对比基因组查询菌种包含基因（功能）

已于 2024-07-15 17:54:07 修改
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于 2024-07-15 17:52:55 首次发布
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ncbi搜索菌名

找genome

挑一个标准菌株，这里随便选了一个打勾的。

下载refseq only protein（fasta） 

GCF是RefSeq（ncbi指定参考基因组），GCA是GenBank，GCF可能更可靠一些（F ：reference sequences；A ：Assembly）

下载文件改成菌名避免混淆

解压点进去找到faa文件，记得也改名 改成下载页面的Taxon 不要留空格，用_代替

文件拉到服务器/home/stu_6/下

输入命令

进入文件夹：cd /home/stu_6/

运行注释命令：emapper.py -i Alistipes_putredinis_DSM_17216_protein.faa --output Alistipes_putredinis_DSM_17216 -d database/emapper_2110/ --cpu 16

giraffb
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