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jl老弟
这个作者很懒,什么都没留下…
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Prodigal基因预测
Prodigal基因预测在做完宏基因组组装这一步后,接下来要进行基因预测。orf预测的软件有很多,比如MetaGene用的很多,但是这个软件输出结果单一,只有一个文件。后续的orf序列提取和翻译需要自己写脚本完成。因此我选择了Prodigal这个软件,Prodigal预测结果文件十分丰富,包括orf的核酸序列文件、氨基酸序列文件、gff文件等,需要注意的是用于宏基因组orf预测的时候得加-p meta参数。Prodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefind原创 2020-10-21 16:06:20 · 5816 阅读 · 0 评论 -
生信物种注释软件Kraken2+Bracken的安装与使用
一、软件安装与数据库下载1.Kraken2安装Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件,能够快速的将测序reads进行物种分类。使用conda一键安装,要先安装好anaconda或者minicondaconda install -y kraken2输入krakek2 --help 出现如下所示帮助文档,则表示安装成功。2.Bracken安装bracken是一种从宏基因组数据中高度准确的计算物种丰度的统计方法。同样使用conda一键安装conda install -原创 2020-09-29 10:08:22 · 16408 阅读 · 10 评论