R包tsne降维在微生物中的应用

data为991位结直肠癌病人组织的微生物相对丰度表，行为样本，列为细菌，最后一列为分组，分为癌症的四个阶段

install.packages("tsne")
library(tsne)
data<-read.table("clipboard",header = T,row.names = 1)
colors = rainbow(length(unique(data$stage)))
names(colors) = unique(data$stage)
head(colors)
tsne_data<-tsne(data[,1:1524],k=2,perplexity=50)

head(tsne_data)

plot(tsne_data,col=colors[data$stage],pch=16,
     xlab = "tSNE_1",ylab = "tSNE_2")
legend("topright",title = "Species",inset = 0.01,
       legend = unique(data$stage),pch=16,
       col = unique(colors[data$stage]))

结果发现癌症四个阶段的病人样本并不能有效分开，表明不同阶段的微生物没有显著差异，令人sad