jileiqwd的博客

普氏分析(Procrustes Analysis)在微生物群落研究的过程中，我们经常需要评估微生物群落结构与环境因子整体之间是否具有显著的相关性，此时，通常使用的方式是Mantel test和普氏分析。普鲁克分析(Procrustes Analysis) 又名普氏分析，是一种用来分析形状分布的统计方法。应用在数据分析中，可以理解为比较两组数据一致性的方法，主要用于表示样品不同方面的数据关联度。在宏基因组测序中， Procrustes分析常用于解释细菌组成与耐药基因的相关性，细菌与功能基因的相关性；在转录

Prodigal基因预测在做完宏基因组组装这一步后，接下来要进行基因预测。orf预测的软件有很多，比如MetaGene用的很多，但是这个软件输出结果单一，只有一个文件。后续的orf序列提取和翻译需要自己写脚本完成。因此我选择了Prodigal这个软件，Prodigal预测结果文件十分丰富，包括orf的核酸序列文件、氨基酸序列文件、gff文件等，需要注意的是用于宏基因组orf预测的时候得加-p meta参数。Prodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefind

对全基因组的基因进行Nr注释是必不可少的一步。由于Nr数据库非常大，导致使用BLAST会消耗巨大的计算资源和时间。使用DIAMOND则能快500-20000倍，而获得和BLAST比较一致的结果。软件安装wget https://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.24/diamond-linux64.tar.gztar xzf diamond-linux64.tar.gz可以将diamond添加至环境变量，如果不添加的话，每次使用软