3d分子学习

3d分子学习（论文代码复现（3DInfomax） （一）

例如 第一章 环境搭建

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前言

对3d在分子的应用比较感兴趣，就开始复现一篇论文（3DInfomax），那么就涉及环境搭建，代码成功运行，代码理解，代码修改，心得总结。在这里写下本人的一些碎碎念念。

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一、论文和代码链接

链接: 3dInfomax

二、环境搭建

1.配置文件

代码提供了配置文件environment.yml，内容如下：

name: 3DInfomax
channels:
  - defaults
dependencies:
  - python=3.7
  - pytorch
  - torchvision
  - torchaudio
  - cudatoolkit=10.2
  - rdkit
  - pytorch-geometric
  - dgl-cuda10.2
  - pot
  - numpy
  - certifi
  - ogb

经过本人的实验，作者给出的依赖项版本太老和兼容问题无法实现，因此采用本人根据依赖要求下载依赖项：

name: 3DInfomax
dependencies:
  - python=3.9
  - pytorch #建议使用pytorch官网提供的下载命令：e.g. conda install pytorch==1.12.0 torchvision==0.13.0 torchaudio==0.12.0 cudatoolkit=11.3 -c pytorch

  - rdkit
  - pytorch-geometric==2.1.0
  - dgl-cuda10.2 #建议使用dgl官网提供的下载命令: e.g. conda install -c dglteam/label/cu113 dgl
  - pot
  - numpy
  - certifi
  - ogb==1.3.5

2.程序运行

如果安装没有问题的话，程序就可以顺利运行（开始是微调阶段（qm9),当然缺少的一些module，pip install就行，懂的都懂。

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总结

虚拟环境的搭建是一切的基础，在本次环境搭建的过程中，也出现了一些问题：
1.python版本提供3.7根本没有相应的torch_geometric，因此采用较为稳定的3.9版本
2.cuda10.2更换为11.3（根据自己的GPU情况实际调整）
3.此外作者提供的依项严重不足，需要自己补充，对于缺失的module，pip install安装即可
4.需要特别注意的是ogb（Open Graph Benchmark）的版本应该为1.3.5，否则会出现更新后的版本相应函数发生改变，变量值发生变化，不能在代码环境中运行问题。较新版本估计都不行，本人试过1.3.6，较老版本能不能运行本人不太确定，因此最终为ogb==1.3.5
5.另外，pandas版本建议1.3.5，否则在导入预训练模型权重时会出现问题。