C语言：emsembl GTF文件文本数据截取特定数据然后读入结构体

最新推荐文章于 2024-10-02 14:37:57 发布

jueshengqiu

最新推荐文章于 2024-10-02 14:37:57 发布

阅读量481

点赞数

文章标签： c语言

本文链接：https://blog.csdn.net/jueshengqiu/article/details/121123828

版权

这段C语言代码用于打开一个ensembl GTF文件，查找包含特定目标（如"Nanog"）的行，并将这些行的数据读入自定义的gene结构体中。程序首先创建一个临时文件来存储目标基因的行，然后逐行处理临时文件，通过Tab和空格将数据分隔并存入结构体。结构体包含了基因名称、ID、转录本名称、转录本生物类型和外显子信息。

摘要由CSDN通过智能技术生成

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 1
struct gene{
   char genename[10];
   char gene_id[30];
   char transcript_name[20];
   char transcript_biotype[20];
   char transcript_id[30];
   unsigned long int Exon[20];
};//定义结构体

int main()
{
   FILE* fp1=NULL;
   FILE* fp2=NULL;
   char buff[2001];
   char* p1=NULL;
   char Target[20]={"\"Nanog\""};
   struct gene Nanog[5];
   int i = 0;
   int j = 0;
   int k = 0;

fp1 = fopen("D:\\C\\ensembl\\Mus_musculus.GRCm39.104.gtf","r");//接收原始emsembl文件
fp2 = fopen("D:\\C\\ensembl\\temp.txt","r+");