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本文详细记录了使用Slicer进行图像配准的过程，包括CT图像的切分、变换以及使用Elastix模块进行配准。通过尝试31种不同的配准方法，对比了效果和耗时，发现3D MR T1, monomodal (brain)方法表现最佳，而某些方法如3D CT, monomodal (lung)和3D MR (mouse brain)导致程序崩溃。同时，文章还介绍了Elastix配准参数的获取及执行过程。"
115285398,9552477,Java集合框架详解：Collection与Map接口,"['Java', '集合框架', '数据结构', 'Map接口', 'List接口']
Slicer学习笔记（十六）分割配准
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- 1、记录配准过程：
- 2、尝试不同的配准方法，找最好配准效果的方法
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- generic rigid (all)
- 3D MR T1, monomodal (brain)
- 3D MR BFFE, monomodal (prostate)
- 3D MRT1 & PET (brain)
- 3D CT, monomodal (lung)
- 3D MRI, monomodal (brain)
- 3D MR HASTE, monomodal (brain)
- 2D x-ray- 3D CT (cerebral)
- 3D microCT (whole-body mouse)
- 3D MR, monomodal (knee cartilage)
- 3D MR, multi sequence (carotid artery)
- 3D CT, monomodal (head and neck)
- 3D MR, multi-contrast (rat brain)
- 3D CT, 3D MR, multimodal (head and neck)
- 3D MR, multi-contrast (mouse brain)
- 3D T1 fat-suppressed Ga-enhanced extremity MR (wrist)
- 3D DCE-MRI (breast)
- 3D MR (mouse brain)
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- 3、slicer中Elastix配准的实现
1、记录配准过程：
1、将一个CT切分成左侧和右侧两个部分，因为关心的是髋骨部分，所以就取了CT中的一部分用于配准。
2、因为此次任务是用健康的股骨替换磨损的股骨部分，此CT中左侧股骨是健康的，右侧股骨是磨损的，所以用右侧股骨为固定图像（Fixed volume）,用左侧股骨为浮动图像，最终生成配准图像用于替换右侧磨损的图像。
3、对于切分的左侧图像，第一步是变换成与右侧图像相同的状态，需要做的是 x轴镜像，需要在slicer中选择 Transforms模块，通过修改Transform Matrix 的x轴参数1改成-1 实现x轴镜像，因为是 − 1 ∗ p x -1*p_x
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