Slicer学习笔记（十六）图像配准

最新推荐文章于 2024-02-25 17:08:34 发布
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分类专栏： slicer 文章标签： slicer
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本文详细记录了使用Slicer进行图像配准的过程，包括CT图像的切分、变换以及使用Elastix模块进行配准。通过尝试31种不同的配准方法，对比了效果和耗时，发现3D MR T1, monomodal (brain)方法表现最佳，而某些方法如3D CT, monomodal (lung)和3D MR (mouse brain)导致程序崩溃。同时，文章还介绍了Elastix配准参数的获取及执行过程。" 115285398,9552477,Java集合框架详解：Collection与Map接口,"['Java', '集合框架', '数据结构', 'Map接口', 'List接口']
摘要由CSDN通过智能技术生成

Slicer学习笔记（十六）分割配准

1、记录配准过程：

1、将一个CT切分成左侧和右侧两个部分，因为关心的是髋骨部分，所以就取了CT中的一部分用于配准。

2、因为此次任务是用健康的股骨替换磨损的股骨部分，此CT中左侧股骨是健康的，右侧股骨是磨损的，所以用右侧股骨为固定图像（Fixed volume）,用左侧股骨为浮动图像，最终生成配准图像用于替换右侧磨损的图像。

3、对于切分的左侧图像，第一步是变换成与右侧图像相同的状态，需要做的是 x轴镜像，需要在slicer中选择 Transforms模块，通过修改Transform Matrix 的x轴参数1改成-1 实现x轴镜像，因为是 − 1 ∗ p x -1*p_x

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3D Slicer 是一个免费的开源平台，主要用于医学影像数据的分割、配准和三维可视化。该软件由一系列功能模块构成，支持多种医学影像格式，并提供强大的图形用户界面和编程接口，便于研究人员和临床医生进行高级分析与...
3D Slicer：从入门到精通（七）——图像配准
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配准的目标是对齐图像、模型和其他对象在3D空间中的位置和方向。3D Slicer提供了许多配准工具，本页仅列出最常用的工具。
3D Slicer配准CT
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Crtl+4打开扩展插件管理界面，Install from file，安装扩展插件。2、Crop Volume模块：用来裁剪感兴趣区并生成Volume，设置配准区域。需要一定时间配准，而且有时候需要检查一下结果是不是对齐了。
使用3D Slicer进行图像配准
qq_46126537的博客
07-05 2095
接下来我们需要实用配准变化矩阵将刚才标记的点配准到配准结果图上，首先将点复制一份，再切换到transforms模式，并选好配准变化矩阵。接下来进行配准操作，我们需要得到配准后的结果以及配准过程中的变换矩阵，先切换到配准模式，实用刚才安装的配准插件进行配准。安装完成后重新打开软件，进行图像配准操作，首先需要打开MNI标准数据和待配准数据，切换到data模式可以查看数据。配准结束后回到data模式，可以看到生成的配准结果以及配准变化矩阵。然后选择刚才复制的点，先变换，后保存变换结果。
3D Slicer——配准篇(基于ANTs工具)详细教程
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ANTs配准工具是配准是常用的工具之一，本篇主要讲基于3D slicer的ANTs配准 基于Python的ANTs工具实现的配准和入门可见：医学图像配准工具ANTs的配置和入门 相关函数的学习介绍可见：医学图像配准工具ANTs的学习——相关函数以及参数介绍 1. 首先在插件扩展管理搜索‘SlicerANTs’,并安装 2. 安装成功后在此便能看到 ANTs 选项 3. 导入图像选择移动和固定图像，并选择配准方式 4. 点击后开始配准 ...
3D Slicer——配准篇(基于Elastix形变配准)详细教程
Joker 007的博客
06-18 9550
3D Slicer安装教程可见：https://blog.csdn.net/Joker00007/article/details/108813947 在3D Slicer较为常用的配准插件叫“SlicerElastix”，安装教程如下： 1. 新安装的3D Slicer并无Elastix插件，需要在插件拓展管理中安装 2. 进入插件拓展管理中，搜索“Elastix”找到“SlicerElastix”插件，并安装 3. 安装成功后在此便能看到 Elastix 选项 4. 进入 Elastix 插件界面，
深度图像配准_【光电视界】巧解图像处理经典难题之图像配准
weixin_42128963的博客
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Slicer加载DICOM性能优化初探索
inter_peng的专栏
10-29 656
本文由Markdown语法编辑器编辑完成. 1. 需求背景 近期遇到一个实际的问题, 就是当使用Slicer加载一个序列的DICOM数据时, 性能比较慢. 特别是配置比较低的服务器上, 加载时间更是非常长. 而且由于这些DICOM数据不是本地加载, 而是必须连接一个服务器将DICOM首先下载到本地, 然后再进行加载. 在一家省级机构中, 经过测试, 一个约300张的序列, 经过下载和本地加载, 约需要60s的时间. 这在客户眼里, 就是不可原谅的. 所以, 如何优化下载和加载DICOM的性能, 就成了重中之
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05-23
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3D Slicer是一款优秀的图像重建软件，能够实现各种医疗图像的配准和重建工作。3D slicer操作指导教程PPT， 详细讲解了该软件的使用步骤。
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3D Slicer是用于医学图像信息学，图像处理和三维可视化的开源软件平台。 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持，二十多年来，Slicer为医生，研究人员和公众提供了免费，强大的跨平台加工工具。在多种医疗应用...
Slicer脚本存储库
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1.configuration file包含的XML元素 Version Major 版本号PlusRevision创建配置文件更加详细的plus版本Data collection ：定义所有用于采集和处理数据的设备 StartupDelaySec：开始使用各种采集设备之前，留有充足的时间初始化。DeviceSet Name 设备名称，如NDI Polaris.
c++ 数字后加f_第二章 数字图像基础-（三）图像感知和获取
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图像配准经典算法
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2024年02月25日更新参考文档如下：1.可见光与SAR关键技术研究2.图像配准代码。
slicer学习笔记(十七)编写一个python扩展模块
04-30
Python是一门高级编程语言，它是一种动态类型、面向对象的语言，支持多种编程范式。Python在科学计算、数据分析、人工智能等领域有广泛的应用，越来越受到业界的关注。Python还有一个优点就是其灵活的扩展性，可以通过编写扩展模块来增强Python的功能。 编写一个Python扩展模块，需要先了解一下Python的C API，这是Python提供的一套C语言的API接口，可以用于编写Python扩展模块或者嵌入Python到其他应用程序中。扩展模块也可以用其他语言如C++、FORTRAN等编写，只要是遵循Python的C API规范即可。 编写Python扩展模块，可以使用Python自带的distutils模块来进行构建和安装。该模块可以用setup.py脚本来配置扩展模块的编译参数、依赖库等，并可以生成可执行文件或者扩展模块所需的动态链接库等文件。 下面是一个简单的Python扩展模块的例子，该模块可以计算两个数字的乘积： // test_module.c #include <Python.h> static PyObject* multiply(PyObject* self, PyObject* args) { int x, y; if (!PyArg_ParseTuple(args, "ii", &x, &y)) { return NULL; } return Py_BuildValue("i", x * y); } static PyMethodDef TestModuleMethods[] = { {"multiply", multiply, METH_VARARGS, "Returns the product of two integers."}, {NULL, NULL, 0, NULL} }; static struct PyModuleDef test_module = { PyModuleDef_HEAD_INIT, "test_module", "A test module that multiplies two integers", -1, TestModuleMethods }; PyMODINIT_FUNC PyInit_test_module(void) { return PyModule_Create(&test_module); } 在该模块中，我们定义了一个multiply函数，用于计算两个整数的乘积。该函数采用Python提供的PyArg_ParseTuple函数解析函数的输入参数，然后返回乘积。我们还定义了一个TestModuleMethods数组，它是一个PyMethodDef结构体的数组，里面记录了我们定义的函数的名称、函数指针、函数的参数类型等信息。最后我们使用PyModule_Create函数生成一个Python模块对象并返回。 我们需要将上面的代码保存到test_module.c文件中，并使用如下命令来构建并安装该模块： $ python setup.py build $ python setup.py install 在安装完成后，我们可以在Python解释器中使用该模块： >>> import test_module >>> test_module.multiply(10, 20) 200 编写Python扩展模块是一项有趣的工作，它可以让我们深入了解Python的内部机制，并且可以为我们解决一些实际问题带来便利。
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