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生信新手分享
文章平均质量分 87
你大佬来啦
这个作者很懒,什么都没留下…
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blast的替代品,使用hmmer寻找同源序列
使用hmmer,可以像blast一样搜索和查询序列同源的序列,与blast相比两者各有千秋。原创 2021-07-03 23:12:32 · 6423 阅读 · 1 评论 -
prodigal,一款预测原核生物中所有ORF的软件,使用方法简单快捷
介绍了一种十分快捷方便预测原核生物基因组中的ORF的软件,使用方式简单,针不戳!原创 2021-06-22 22:52:05 · 7976 阅读 · 2 评论 -
使用NCBI rpsblast寻找蛋白序列具有的保守Domain (本地版CD-search)
在生信研究中经常需要寻找蛋白序列的Domain,蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分。网页版CD-search能够解决少量蛋白序列的搜索需求,但是若是需要寻找大量的蛋白Domain信息,那么NCBI-blast+安装包携带的rpsblast绝对是最好的选择。原创 2020-09-26 20:55:32 · 7968 阅读 · 0 评论 -
使用Python ete3包快速大批量地寻找物种的NCBI Taxonomy分类的完整信息(物种名和Taxid可进行相互转换)
在生物信息学工作中,有时候需要将大量物种进行分类,虽说在NCBI的Taxonomy数据库能找到分类信息,但是单个寻找效率太低,数据库提供的ftp文件可读性也不高。ete3包相当于一个转换工具,用于将NCBI的分类数据进行解析,使我们能方便的获取物种或分类号的信息,在工作中必将提高工作效率。原创 2020-08-17 23:18:26 · 7418 阅读 · 8 评论 -
使用cd-hit对核酸序列或氨基酸序列聚类
cd-hit是一款用于蛋白质或者核酸序列聚类的工具,由 Dr. Weizhong Li开发,其能够很快速地对某些具有一定相似性的序列进行聚类,是现在很常用的生物信息学工具。原创 2020-08-11 23:03:35 · 8359 阅读 · 4 评论 -
RNA-seq生信分析流程(简版)
当前除了RNA-seq外还有sRNA-seq、miRNA-seq、chip-seq、甲基化测序等测序技术,但是这些测序技术后续的生信处理的原理基本相似。本文仅非常简要地介绍了一下RNA-seq的大体步骤。原创 2020-08-02 16:20:06 · 7175 阅读 · 0 评论 -
报错BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database[db] in search path的可能原因
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [db/dbname] in search path的可能原因原创 2020-07-26 15:28:05 · 11076 阅读 · 3 评论 -
本地BLAST的使用方法及基本操作步骤
网页版BLAST的功能很强大,但是有时候使用本地版BLAST才能更方便快捷地达到我们的目的。本地BLAST的优点有很多,当查询序列很多需要进行批量BLAST或是网上没有自己需要的序列时本地BLAST就是更好的选择,并且本地版的安全性会更高,也不需要网络支持,可以自己设置BLAST数据库,因此若是需要的话可以选择使用本地BLAST,但是要注意本地BLAST建库需要的空间可能比较大。原创 2020-07-26 14:45:30 · 32586 阅读 · 12 评论 -
隐马尔可夫模型在序列比对和基因预测中的应用
隐马尔可夫模型由马尔可夫所建立。此模型中,某个事件的发生与其前n个事件的发生情况有关,并且可以被计算出某事件发生的概率。本文章主要介绍了隐马尔可夫模型在生信中的一些应用,分别是序列比对和基因预测方面的应用。原创 2020-07-20 23:18:39 · 4820 阅读 · 0 评论 -
BLAST背后的知识(一点原理)
本文简要介绍了一下生物信息学常用的BLAST工具的基本原理和使用的算法,并顺带提了一下BLAST一般会用到的各种替换计分矩阵。希望能帮助到大家!原创 2020-07-16 00:19:24 · 5846 阅读 · 0 评论