做本地BLAST时,已经使用makeblastdb命令进行了建库处理,但是在输入如下的blast命令之后出了错,
tblastn -query enzyme/GtrR.fasta -out demo.blast -db db/dbname/
报错信息为BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [db/dbname] in search path,仔细检查路径信息没有问题,在网上搜索到的答案不能解决我的问题,和我的问题似乎也都没有关系。最后无意中才发现原来数据库名是要写制作好的数据库文件夹里面的文件名的前缀(即去掉文件扩展名部分),因此需要再把此文件名部分即dbname加上(这里文件夹名和文件名我都设为了dbname)。即:
tblastn -query enzyme/GtrR.fasta -out demo.blast -db db/dbname/dbname
这样就不会再报错啦。