RNA-seq转录组数据分析入门实战--环境部署

windows 10下使用linux子系统（windows store 下载安装ubuntu），使用控制台 CMDer。创建可以用来学习生物信息的环境。
准备创建一个新的虚拟环境用来学习生物信息学。

1. conda常用的命令。
   1）conda list 查看安装了哪些包。
   2）conda env list 或 conda info -e 查看当前存在哪些虚拟环境
   3）conda update conda 检查更新当前conda
   2.设置国内镜像（添加与生信相关的源）

   添加清华镜像

   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

   添加 conda-forge

   conda config --add channels conda-forge

   添加 r

   conda config --add channels r

   添加 bioconda

   conda config --add channels bioconda
   3. 创建一个新的虚拟环境 RNAseq
   conda create -n RNAseq
2. 激活虚拟环境并安装软件

  # 激活RNAseq
    conda activate RNAseq
   # RNAseq下安装 质控 软件
    conda install fasqc  trimmomatic  cutadapt   trim-galore  -y
   # RNAseq下安装 比对 软件
    conda install star  hisat2  tophat  bowtie2  bwa  subread  -y
   # 参数 -y 指同意安装