材料:差异基因的 “Gene Symbol”
1、利用String进行蛋白互作网络分析
STRING是蛋白质相互作用数据库,可用来分析已知蛋白之间和预测蛋白质之间相互作用。
这里我们是分析多个蛋白质之间的互作关系,如上图依次进行操作:
1)选择输入选项–Multiple proteins;
(2)选择输入文件,也可复制所有基因粘贴到上面的输入框中;
(3)选择物种,这里选择人类;
(4)点击SEARCH进行搜索分析。
进入主页,如下图,这里既可以输入一个蛋白分析其与已知蛋白质之间的联系,还可以输入多个蛋白 分析他们之间的互作关系。
搜索分析后会出现多个结果,一般选择默认的直接点击continue即可,
最后便会出现我们输入基因的检索结果:
上面展示了默认的蛋白互作网络图,通过下方的settings选项,我们可以设置建立互作关系的阈值以及网络图中边线表示的意义:
(1)evidence:不同颜色的线表示不同证据;
(2)confidence:两个蛋白质相互作用越强连线越粗;
(3&