基因互作网络分析图

本文介绍了如何使用STRING数据库进行基因互作网络分析,包括选择输入基因、设定物种、搜索分析以及调整网络图参数。此外,还提到了cytoscape软件用于绘制蛋白互作网络,并提供了分析和下载结果的步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

材料:差异基因的 “Gene Symbol”
1、利用String进行蛋白互作网络分析
STRING是蛋白质相互作用数据库,可用来分析已知蛋白之间和预测蛋白质之间相互作用。
这里我们是分析多个蛋白质之间的互作关系,如上图依次进行操作:
1)选择输入选项–Multiple proteins;

(2)选择输入文件,也可复制所有基因粘贴到上面的输入框中;

(3)选择物种,这里选择人类;

(4)点击SEARCH进行搜索分析。

进入主页,如下图,这里既可以输入一个蛋白分析其与已知蛋白质之间的联系,还可以输入多个蛋白 分析他们之间的互作关系。
在这里插入图片描述
搜索分析后会出现多个结果,一般选择默认的直接点击continue即可,
最后便会出现我们输入基因的检索结果:
基因互作网络图
上面展示了默认的蛋白互作网络图,通过下方的settings选项,我们可以设置建立互作关系的阈值以及网络图中边线表示的意义:

(1)evidence:不同颜色的线表示不同证据;

(2)confidence:两个蛋白质相互作用越强连线越粗;

(3&

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