nnunet入门之三(2D图像分割)

小吕同学吖

已于 2023-03-13 13:17:57 修改

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分类专栏：医学图像 nnUNet 图像分割文章标签： python pytorch 深度学习人工智能神经网络

于 2023-03-12 03:23:21 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/l2181265/article/details/129471611

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数据处理

2D数据转成伪3D数据，即z轴层数为1或3（灰度图为1，彩图为3）。

参考：nnUNet/nnunet/dataset_conversion/Task120_Massachusetts_RoadSegm.py

直接转换数据，将数据存放到nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task120_MassRoadsSeg

文件夹目录

└─Task120_MassRoadsSeg
    │  dataset.json
    │  
    ├─imagesTr
    │      img-1_0000.nii.gz
    │      img-1_0001.nii.gz
    │      img-1_0002.nii.gz
    │      img-2_0000.nii.gz
    │      img-2_0001.nii.gz
    │      img-2_0002.nii.gz
    │      img-3_0000.nii.gz
    │      img-3_0001.nii.gz
    │      img-3_0002.nii.gz
    │      img-4_0000.nii.gz
    │      img-4_0001.nii.gz
    │      img-4_0002.nii.gz
    │      img-5_0000.nii.gz
    │      img-5_0001.nii.gz
    │      img-5_0002.nii.gz
    │      ...
    ├─imagesTs
    │      img-10.nii.gz
    │      img-11.nii.gz
    │      ...
    └─labelsTr
           img-1.nii.gz
           img-2.nii.gz
           img-3.nii.gz
           img-4.nii.gz
           img-5.nii.gz
           ...

json文件信息

nnUNet/nnunet/dataset_conversion/utils.py里面的函数generate_dataset_json可以生成相应任务的json文件。

{ 
"name": "MassRoadsSeg", 
"description": "MassRoadsSeg",
"reference": "https://www.kaggle.com/insaff/massachusetts-roads-dataset",
"licence":'hands off!',
"release":"1.0 06/08/2018",
"tensorImageSize": "4D",
"modality": { 
   "0": "Red",
   "1": "Green",
   "2": "Blue"
 }, 
 "labels": { 
   "0": "background", 
   "1": "street"
 }, 
 "numTraining": 804, 
 "numTest": 13,
 "training":[{"image":"./imagesTr/img-1.nii.gz","label":"./labelsTr/img-1.nii.gz"},{"image":"./imagesTr/img-2.nii.gz","label":"./labelsTr/img-2.nii.gz"},{"image":"./imagesTr/img-3.nii.gz","label":"./labelsTr/img-3.nii.gz"},{"image":"./imagesTr/img-4.nii.gz","label":"./labelsTr/img-4.nii.gz"},{"image":"./imagesTr/img-5.nii.gz","label":"./labelsTr/img-5.nii.gz"},...],
 "test":["./imagesTs/img-10.nii.gz","./imagesTs/img-11.nii.gz",...]
 }

预处理

# 只进行2d预处理，不进行3d预处理
nnUNet_plan_and_preprocess -t 120 -pl3d None

训练

nnUNet_train 2d nnUNetTrainerV2 120 0

测试

nnUNet_predict -i /root/nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task120_MassRoadsSeg/imagesTs -o /root/nnUNet_trained_models/nnUNet/2d/Task120_MassRoadsSeg/nnUNetTrainerV2__nnUNetPlansv2.1/fold_0/infer -t 120 -m 2d