lammps教程:改变原子类型之set命令详解

在某些lammps模拟中,需要设置固定层,为了能够清楚的显示固定层,通常需要把固定层原子设定为不同颜色。
在这里插入图片描述

解决的方法有两种,最简单的一种方法是使用create_atoms时选择和基体原子不一样的原子类型。
如果晶体结构是通过其他建模软件生成,直接由data文件读入,那么,刚才那种方法就不适用了。
这种情况可以使用set命令改变原子的类型。
语法为:

set group group-ID type N

使用这条命令之前,先将要改变类型的原子归入到一个group内。
例如将left组原子类型设为2:

set roup left type 2

下面以Al板建模为例,演示set命令使用方法:

#模型基本设置
units			metal
boundary		p p p
atom_style		atomic
timestep		0.001
neighbor		2.0 bin
neigh_modify	delay 0 every 5 check yes
#创建Al板结构
lattice			fcc 4.05
region			box block 0 5 0 20 0 20
create_box		3 box
create_atoms    1 region box
#划分上下两个区域
region			left block INF INF INF INF 2 INF 
region			right block INF INF INF INF 18 INF
#原子分组
group			left region left
group			right region right
#set命令
set				group left type 2
set				group right type 3
#设置摩尔质量
mass			* 27  #Al
#保存原子数据
write_data		all.data

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