lammps教程:group命令详解


在lammps模拟过程中,group基本上是每次都会用到的一个命令。从命令关键字上也能猜出来,group就是对原子进行分组的意思。

被group后的原子会被分配一个group-ID,这个group-ID被用到fix、compute、dump等命令中。

例如fix命令中的第二个参数就是group-ID:

fix ID group-ID style_name keyword value ...
fix 1 water npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0

即使不对原子进行分组,lammps也会设置一个默认的原子组:all,也就是把所有的原子全部划分到all组内。

例如对系统所有原子进行温度初始化,可以使用下面的语句,其中all就是默认的group-ID:

velocity all create 300.0 4928459

常用的分组方式有以下几种:

(1)配合region使用,把某一区域的原子归入到一个组中。

例如在纳米铜的拉伸时,需要一端固定,另一端施加一定的速度进行拉伸,这就需要把Cu原子划分为三个组:
left:固定组
right:速度加载组
mobile:中间组

group命令配合union关键字可实现两个组的合并,例如left和right组合并为boundary组,可以写为:

group     boundary union left right

配合substract关键字可实现减法操作,所有原子减去boundary原子即为中间moible原子,可以写为:

group     mobile subtract all boundary

Cu拉伸建模全部代码如下:

#模型基本设置
units               metal
dimension           3
boundary            p s p
neighbor            0.3 bin
neigh_modify        delay 0
timestep            0.001
#设置晶格参数,生成box
lattice             fcc 3.61
region              box block 0 20 0 5 0 5
create_box          3 box
create_atoms        1 box
#设置Cu原子质量
mass		    1 64
mass		    2 64
mass		    3 64
#设置left和right区域,以此region设置group
region              left block INF 2 INF INF INF INF
group               left region left
set		    group left type 2
region              right block 18 INF INF INF INF INF
group               right region right
set		    group right type 3
#group组加减操作
group               boundary union left right
group               mobile subtract all boundary
#保存模型数据
write_data	    Cu.data

(2)配合type命令,可以将多种类型的原子归为一组

#将原子类型为3和4的原子全部归入到water组

group water type 3 4

(3)配合原子id可将特定的原子归入到一组

#原子id为102550的三个原子归入到sub组
group sub id 10 25 50
#原子id从5001000的全部原子归入到sub组
group sub id 500:1000
#原子id为100110120...10000的原子归入到sub组
group sub id 100:10000:10
#原子id小于或等于150的原子归入到sub组
group sub id <= 150

需要注意的是,lammps最多支持32个group(包含all组),如果定义的组过多,可将不再使用的组删除:

group boundary delete

group命令在模拟过程中使用比较频繁,灵活掌握以上几种应用基本上能够满足要求,更多的设置方式可以查看lammps手册。
更多lammps教程和案例请关注微信公众号:lammps加油站

评论 6 您还未登录,请先 登录 后发表或查看评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
©️2022 CSDN 皮肤主题:1024 设计师:我叫白小胖 返回首页

打赏作者

lammps_jiayou

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
输入1-500的整数
余额支付 (余额:-- )
扫码支付
扫码支付:¥2
获取中
扫码支付

您的余额不足,请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、C币套餐、付费专栏及课程。

余额充值