lammps教程：group命令详解

最新推荐文章于 2024-09-19 22:57:19 发布

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分类专栏： lammps教程文章标签： lammps

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lammps教程：group命令详解

在lammps模拟过程中，group基本上是每次都会用到的一个命令。从命令关键字上也能猜出来，group就是对原子进行分组的意思。

被group后的原子会被分配一个group-ID，这个group-ID被用到fix、compute、dump等命令中。

例如fix命令中的第二个参数就是group-ID：

fix ID group-ID style_name keyword value ...
fix 1 water npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0

即使不对原子进行分组，lammps也会设置一个默认的原子组：all，也就是把所有的原子全部划分到all组内。

例如对系统所有原子进行温度初始化

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lammps教程：compute group/group原子组相互作用计算方法

lammps_jiayou的博客

04-19

2954

大家好，我是小马老师。本文介绍lammps计算原子组之间相互作用的一个命令：compute group/group。在lammps模拟中，经常需要计算原子组之间的相互作用，如摩擦球与基体之间、流体与壁面之间等等。 lammps提供compute group/group命令可完成此功能。 compute group/group命令既可以计算原子组之间的作用能，也可以计算两个组之间的作用力。如： compute 1 lower group/group upper lower和upper为两个原子组的id

lammps教程：fix setforce命令详解

lammps_jiayou的博客

02-02

9820

在分子动力学模拟中，有时需要固定一部分原子，例如，使用velocity命令对体系进行拉伸时，固定底部原子，对顶部原子施加一定的速度实现拉伸。在纳米磨削中，也需要固定设置一个固定层，防止工件在磨削力的作用下移动。在lammps中固定原子的方式有多种，我比较常用的是fix setforce命令。 fix setforce命令语法格式为： fix ID group-ID setforce fx fy fz keyword value ... 其中： ID是本次fix设置的id，可以任意命名。 group-

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groups(1) command

Dablelv 的博客专栏。

10-31

1万+

groups 命令用于查询用户所在的组。

groups 命令：显示当前用属组

最新发布

qq_38641599的博客

09-19

541

groups命令用于显示当前用户所属的用户组有哪些。groupadd 添加一个用户组。groupdel 删除一个用户组。‍。

linux之group命令

weixin_40645193的博客

09-07

1万+

■账户组管理【groupadd、groupmod、groupdel、newgrp】 (1)添加组groupadd 格式：groupadd 选项组名 -g 指定组的GID,该GID必须唯一，不能和其他用户组的GID重复 -o 一般与-g选项同时使用，表示新用户组的GID可以与系统已有用户组的GID相同 ■【groupadd 创建组】 [root@master Desktop]# groupadd group1 [root@master Desktop]# groupadd -g 1020 group2

Linux---用户组命令（groupadd、groupdel、groupmod、newgrp、getent）

weixin_43961909的博客

05-28

1843

User ID (UID-502)：它表示用户 ID（UID），每个用户应包含唯一的 UID。getent 命令会显示类似于 /etc/passwd 文件的用户详情，它将每个用户的详细信息放在一行，包。Group ID (GID-503)：它表示组 ID（GID），每个组应该包含唯一的 GID，它存储。root，UID（1-99）是为系统用户保留的，UID（100-999）是为系统账户/组保留的。群组，要么修改 temp 用户的 GID，将其初始组改为其他群组，要么先删除 temp 用户。

mysql中关于group的语句指令_MySQL Group by 语句

weixin_30229479的博客

01-28

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MySQL GROUP BY 语句GROUP BY 语句根据一个或多个列对结果集进行分组。在分组的列上我们可以使用 COUNT, SUM, AVG, 等函数。GROUP BY 语法SELECT column_name, function(column_name)FROM table_nameWHERE column_name operator valueGROUP BY column_name;实...

lammps教程：delete_atoms 命令详解

lammps_jiayou的博客

03-15

9195

lammps建模时，我们使用create_atoms创建原子，有些情况下，需要删除一些原子，用到的命令为：delete_atoms。 delete_atoms语法： delete_atoms style args keyword value ... 下面介绍delete_atoms常见的用法 1.删除组内或区域内原子整组或者整个区域删除原子，直接使用group或者region关键字即可，删除原子后原子ID已经不连续，使用compress yes可对ID序号进行压缩，也就是重新排序，产生连续的原子ID。

lammps教程：改变原子类型之set命令详解

lammps_jiayou的博客

04-14

6661

在某些lammps模拟中，需要设置固定层，为了能够清楚的显示固定层，通常需要把固定层原子设定为不同颜色。解决的方法有两种，最简单的一种方法是使用create_atoms时选择和基体原子不一样的原子类型。如果晶体结构是通过其他建模软件生成，直接由data文件读入，那么，刚才那种方法就不适用了。这种情况可以使用set命令改变原子的类型。语法为： set group group-ID type N 使用这条命令之前，先将要改变类型的原子归入到一个group内。例如将left组原子类型设为2： set

【Linux命令-文件管理类】chgrp命令和groups命令

zgljl2012的专栏

09-28

2706

chgrp命令命令功能：变更文件或目录的所属群组。命令语法： chgrp [-cfhRv][–help][–version][所属群组][文件或目录…] chgrp [-cfhRv][–help][–reference=<参考文件或目录>][–version][文件或目录…] 在UNIX系统家族里，文件或目录权限的掌控以拥有者及所属群组来管理。可以使用chgrp指令去变更文件与目录的所属群组，设

lammps read_data读入的模型如何准确分组？

lammps_jiayou的博客

05-21

556

在一对一咨询过程中，发现有不少同学对于其它软件建好并通过read_data读入的模型，就不会分组了，也有同学知道分组方法，但是不会确定分组的region坐标范围，从而导致模拟结果出错。通过第三方软件建的模型，原子坐标不一定就是从0开始的，所以，在设置region命令的时候不能想当然的认为原子坐标就是从0开始，需要准确地确定坐标范围。各组大体比例如图所示，当然，用上面的代码分组后并不能改变原子的类型，也不能改变在ovito中显示的颜色，如需改变颜色，还需要用set命令更改原子类型。大家好，我是小马老师。

Linux常用命令之——用户组操作groupadd、groupdel、groupmod

lihaibo920416的博客

05-09

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groupadd命令用于创建一个新的工作组，新工作组的信息将被添加到系统文件中。语法groupadd(选项)(参数)选项-g：指定新建工作组的id； -r：创建系统工作组，系统工作组的组ID小于500； -K：覆盖配置文件“/ect/login.defs”； -o：允许添加组ID号不唯一的工作组。参数组名：指定新建工作组的组名。实例建立一个新组，并设置组ID加入系统：groupadd -g 344...

lammps关于rdf，msd，group/group，com几个参数的计算

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lisa25496的博客

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lammps关于rdf，msd，group/group，com几个参数的计算 1 rdf rdf又称g( r )，rdf的计算与输出通过以下命令计算输出： compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ... 其中，Nbin类似于切片数，数也多，可能曲线会更连续，光滑，但过多

【LAMMPS学习】五、LAMMPS命令(４) 按类别划分的命令

荷塘阅色

03-27

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此部分列出了大多数 LAMMPS 命令，按类别分组。常规命令页面按字母顺序列出所有常规命令。固定、计算、配对等条目的样式选项有自己的页面，按字母顺序列出。

系统与管理命令--User和Group类

Thus_的博客

08-22

716

系统与管理命令--User和Group类 users,groups,chown,chgrp,useradd,userdel,usermod,newgrp,last,w,ac,passwd,sudo,su,who,logname,id,groupmod.

lammps教程：以Cu纳米磨削为例详解region命令

lammps_jiayou的博客

01-30

5064

lammps教程：以Cu纳米磨削为例详解region命令在lammps中建模，肯定会用到region命令，熟练掌握region命令可以构建出相对复杂的模型。在lammps模拟中，所有的原子都被限定在一个空间区域内运动，这个空间区域也就是常说的模拟盒子box。在建立box之前，我们需要在空间中划分出一个区域，在这个区域内生成box，region命令通常写在create_box命令之前。本文以最常见的纳米磨削模型的建模为例，介绍region的使用方法。如上图所示，左下角为单晶铜，分成了三个区域，红色

lammps建模：region union实现复杂形状建模

lammps_jiayou的博客

11-25

3638

大家好，我是小马老师。本文介绍lammps基础知识：region union的使用方法。 region命令在lammps建模中的作用非常大，既可以用来建模，也可以用来选择特定区域的原子。 region命令主要功能是划定一个特定区域，形状可以为长方体、圆柱体、球体等。 lammps提供了一个region union命令，可把多个region区域合并为一个区域。使用这个命令，可以创建复杂形状的区域，语法命令格式为： region ID union N reg-ID1 reg-ID2 ... N为合并区域的

【Lammps】lammps常用入门建模命令（一）

haoweixl的博客

05-09

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LAMMPS 中group 命令的介绍越详细越好

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group命令是LAMMPS中的一个强大的命令，用于将原子或分子分组。在分子动力学计算中，group命令可以用于选择一组原子或分子，以便对其进行操作和计算。以下是group命令的详细介绍：语法 group group-ID keyword value 参数 group-ID：组的唯一标识符，可以输入任何字符串。 keyword：选项关键字。 value：选项值。选项关键字以下是group命令中可用的选项关键字： 1. id 根据原子或分子的ID选择组。可以使用单个ID、ID列表或ID范围。例如： group mygroup id 1 2 3 4 5 group mygroup id 1-5 2. type 根据原子或分子的类型选择组。可以使用单个类型、类型列表或类型范围。例如： group mygroup type 1 2 3 group mygroup type 1-3 3. molecule 根据分子ID选择组。例如： group mygroup molecule 1 2 3 4. region 根据一个定义好的region选择组。例如： group mygroup region myregion 5. union 将两个或多个现有组合并成一个新组。例如： group mygroup1 id 1-5 group mygroup2 type 1 group mygroup3 union mygroup1 mygroup2 6. intersect 将两个或多个现有组的交集形成一个新组。例如： group mygroup1 id 1-5 group mygroup2 id 4-8 group mygroup3 intersect mygroup1 mygroup2 7. subtract 从一个现有组中减去另一个已有组的元素形成一个新组。例如： group mygroup1 id 1-10 group mygroup2 id 6-9 group mygroup3 subtract mygroup1 mygroup2 8. all 选择所有原子或分子。例如： group mygroup all 9. random 从所有原子或分子中随机选择指定数量的元素。例如： group mygroup random 10 用法示例以下是group命令的几个用法示例： 1. 选择所有氢原子： group H type 1 2. 选择所有分子： group Molecule molecule 1 3. 选择位于一个定义好的region内的原子： group mygroup region myregion 4. 将两个组进行交集运算： group mygroup1 id 1-5 group mygroup2 id 4-8 group mygroup3 intersect mygroup1 mygroup2 5. 从所有原子中随机选择10个元素： group mygroup random 10 总结 group命令是LAMMPS模拟中非常重要的命令之一，它可以帮助用户选择特定的原子或分子进行计算和操作。使用group命令的不同选项可以实现不同的选择方法。熟练掌握group命令可以更好地进行分子动力学模拟，并且能够更好地理解计算结果。