避免lammps弛豫出错的一个小技巧

大家好，我是小马老师。

本文介绍避免lammps弛豫出错的一个方法。

在lammps模拟中，原子的移动速度不能太大，如果在一个timestep内移动距离过大，容易造成模拟出错。

“bond atoms missing”、“atoms lost”、“Out of range atoms - cannot compute PPPM”、“Non-numeric box dimensions - simulation unstable”等错误大多与原子速度过快或在一个tiemstep内移动距离过大有关。

造成原子移动距离过大的一个原因是初始模型重叠度过大。

一般来说，使用minimize命令可以解决大部分的原子重叠问题，但在有键角的分子体系中，minimize去重叠效果不是很好。

使用minimize命令，可能仍然会提示上述错误。

此时，可以试试fix nve/limit命令。

fix nve/limit和fix nve命令类似，都是使用nve系综的算法，不同的是fix nve/limit命令可以限制原子在一个timestep内移动的最大距离。

语法规则：

fix ID group-ID nve