大家好,我是小马老师。
在lammps模拟中,原子必须位于模拟盒子box的内部,当因为建模方式不当造成原子处于box外面时,lammps会给出错误提示,造成模拟中断。
例如,下图中的Cu纳米线,使用Atomsk建模方式,因多次旋转导致最上部的原子处于盒子的外面:
在lammps模拟是会提示如下错误:
当出现这种错误时,一般就是有原子处于盒子外面。
解决这种问题的方法比较简单,用记事本打开data文件,修改box的Z坐标值即可。
修改之后的结构如图下图所示,所有原子已经在box里面:
这时候就能够顺利进行lammps模拟了。
当模拟出现错误时,最好的方法是看错误提示,根据错误提示分析原因,有的放矢地解决问题。
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