lammps案例：原子倒入容器

本文介绍lammps向体系内动态添加原子的一种方法。
在绝大多数的分子动力学模拟过程中，原子数量保持恒定。
如果需要按一定步数动态的减少原子，可参考：
删除蒸发原子
动态的增加原子，可以使用fix deposit沉积命令：
沉积案例
也可以使用fix pour命令。

fix pour命令功能：
在指定的区域内，每隔一定步数将特定数量的原子或分子插入box中，直到有N个原子或分子被插入。通常用来模拟颗粒在重力作用下倒入容器的过程。

fix pour语法：

 fix ID group-ID pour N type seed keyword values ... 、

• N为插入原子或者分子的总数量
• type为插入原子或分子的类型
• seed为随机数种子
• keyword为关键词设置，如插入区域、分子模板等。

下面案例是lammps自带的一个fix pour案例，主要模拟在体系内插入3000个原子，原子在重力作用下沉积到底部的过程。
为突出重点，删掉了若干不需要的语句。

in文件代码：

atom_style	sphere
boundary	p p fm
newton		off
comm_modify	vel yes

region		reg block -10 10 -10 10 -0.5 16 units box
create_box	1 reg

neighbor	0.2 bin
neigh_modify	delay 0

pair_style      gran/hooke/history 2000.0 NULL 50.0 NULL 0.5 0
pair_coeff	* *

timestep	0.001

fix		1 all nve/sphere
fix		2 all gravity 1.0 spherical 0.0 -180.0
fix		zlower all wall/gran hooke/history 2000.0 NULL 50.0 NULL 0.5 0 &
		zplane 0.0 2000.0 

region		slab block -9.0 9.0 -9.0 9.0 10.0 15.0 units box
fix		ins all pour 3000 1 300719 vol 0.13 50 region slab

dump		id all atom 1000 dump.xyz

run		25000

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公众号：lammps加油站