Molecular Psychiatry; 2021(Feb); P-factor; Donders; Heritable Environmental risk factors
BP; 2021(Jan); TReNDS; IMAGEN; MCCAR+jICA; Novelty-seeking
Neuropharmacology; 2021(Jan); caffeine exposure in utero; ABCD; Julia; DTI
Molecular Psychiatry 2020; NIDA; HPC; binge drinking; Machine Learning
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Correlations [between different symptom dimensions] are not a problem, but a profoundly important source of information about the nature of psychopathology.
发表在Modular Psychiatry上的观点类文章,来自于Donders。文章的主题是P-factor:A general psychopathology factor (or “P-factor”) to efficiently describe the covariance of psychopathology。 P-factor在之前一篇BP的综述文章中就提到过【传送门->03】,那一个issue有文章专门讨论了p-factor。
似乎这两篇文章是最初提出P-factor概念:
文章首先将P-factor分成了
1)Phenotypic: clinical definitions and phenomenological presentations;
2)genomic: shared genetic liability;
3)neural: brain structure and function
综述了之前的研究发现,并且总结了各模态常用的分析P-factor的方式:
结果表明 Psychiatric symptoms and their biological correlates co-vary highly in the population.
比如:Cell2019年这篇文章发现了109个基因变异与孤独症、ADHD、精神分裂症、双相情感障碍、抑郁症、强迫症和Tourette Syndrome,这八种精神疾病相关。Genomic relationships, novel loci, and pleiotropic mechanisms across eight psychiatric disorders. Cell. 2019;179:1469–82 e1411.
JAMA Psychiatry这篇文章发现与6种精神疾病的皮层厚度差异有关组织结构学(cell type). Virtual Histology of Cortical Thickness and Shared Neurobiology in 6 Psychiatric Disorders. JAMA Psychiatry. 2021 Jan 1;78(1):47-63.
传统的endophenotype模型认为,基因通过brain影响行为,环境作用于brain。作者强调了共同的遗传环境风险因素(heritable environmental risk factors)对P-factor的作用,因此可能存在多种/双向的因果关系。
对于如此复杂的问题,作者认为从以下角度入手能更好的了解P-factor的机制:
Testing to what extent the three P-factors reflect the same variation in the population
Quantifying genetic correlations and gene-environment correlations using GWAS data
Including multi-level neurobiological data at multiple scales of investigation
Modeling the dynamics of gene-environment correlations over time
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IMAGEN的文章,来自于Tri-institutional Center for Translational Research in Neuroimaging and Data Science (TReNDS),之前提到过他们会不定期组织在线的线上讨论,而且会有视频上传B站【传送门】。
IMAGEN是欧洲一个多中心的longitudinal项目,基线14岁,2000名被试,有任务态,静息态,DTI和genetic数据。在16岁有一次non-imaging的follow-up,在19岁和23岁还有两次包括brain scan的follow-up,现在23的数据已完成。
文章首先找到了Novelty-seeking top20%的被试,使用他们常年使用的方法MCCAR+jICA找到了各模态中和Novelty相关的成分。这个方法可以做多模态融合,还有效回避了voxel-wise做相关无法得到过矫正的结果的情况。
这个方法做多模态的融合似乎10年前就有了。
找到和novelty-seeking相关的成分之后,提取ROI,在14岁数据上建立回归模型,将beta值分别用于预测
19岁同样的被试上(n=239)
19岁剩下一批被试
external dataset
都得到了不错的p值。
有意思的是,对于没有任务态的数据集,他们提取了ROI静息态的数据,使用了Linear back reconstruction的方法得到了相应任务态的component maps的估计。
Thoughts:
1)研究似乎没有完全考虑age,gender, site,puberty的影响,在做实际值和预测值相关时,做了额外的partial correlation控制了gender的影响。在做N-way classification的前,将age/gender/site回归掉了。
2)如果可以展示一下几个预测的target之间的相关就更好了,感觉这几个target之间可能会有很高的相关。
3)选用了top 20%的novelty-seeking的被试,如果选的是25%或者33%或者15%结果会怎样。个人经验这个选择很tricky。
4) 没看讨论,但是觉得从p-factor入手是一个好主意。
5) 找到的biomarker在不同的数据集上的表现都不错,external validation set的使用大大增加了结果的可信度。虽然把resting的数据重建成任务态的component map像是变魔术一样。
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发在Neuropharmacology上的研究(n=9157),用的是ABCD,9-10岁的数据,这个研究考察的怀孕期咖啡因的摄入对下一代大脑发育的影响。文章的思路比较简单,用孕期咖啡因摄入定义分组,然后对DTI数据进行分析。之前一篇类似的ABCD的文章发表在AJP上,分析的是alcohol exposure in utero对大脑发育的影响【传送门->5】。
行为的结果表明有4135个母亲报告了整个孕期每周一次的咖啡因摄入,孕期咖啡因摄入和left IFOF, CST的FA值负相关,和psychopathology相关的测量也和孕期咖啡因摄入正相关。咖啡因的摄modulate了task efficiency和left CST的FA值。
咖啡就像是一般的饮品一样,在孕期并不会严格的控制。如果搜索caffeine exposure in utero的话会发现研究孕期母体咖啡因摄入对大脑发育影响的文章并不少。这个研究的意义在于
另外,虽然早就听过Julia,这还是第一次看到有文章使用Julia语言进行分析,没看什么不得不用Julia的理由。Julia不是解释性语言,能提供像C一样的运行速度,容易调用其他语言,支持GPU。
ChrisRackauckas:
如果你用 Julia 处理一个 10 秒内的问题,它的优势并不能体现出来。而一旦处理的问题变复杂,需要花费比较长的时间,这时 Julia 的优势就会慢慢体现了。如果你需要解决 100 个 10 秒的优化问题,第一次执行需要花费 17 秒,接下来的优化不需要编译,大约只需要 10 秒。因此,总运行时常为 1007 秒。所以,当用 Julia 处理一个 10⁵ 秒的问题时,这 7 秒基本可以忽略不记;但如果用 Julia 处理 5 秒甚至更小的问题时,这 7 秒的差异就特别明显。【来源:知乎 Julia vs R vs Python: 简单优化对比】
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偶然发现来自NIDA的一篇文章,使用的是HPC的数据做机器学习预测binge drinking,看完之后觉得这文章能发Molecular Psychiatry得算是有大佬的加持了吧。
首先定义了case (n=177)和control(n=309),然后对比了以下几个组变量的预测表现,
all variables
nonbrain variables
only brain variables
其中brain的数据包括了7个任务的ROI和结构像的ROI。
结果见下图,单独使用brain数据做预测结果是最差的,并不意外。即使在nonbrain variables的基础上加上brain variables模型的表现也没有好到哪去。个人经验,用task fMRI做预测真的非常浮云。
看👆table中的结果,他们的模型表现真的可能是inflated。被试很少是一个问题,另外一个问题是,看下图👇分析流程,4那里的test sample只有一份,更好的方式是test sample也生成10份【也就是Nested CV】,最后的结果使用10份test sample结果做平均,就应该不会有那么高了吧。另外,我觉得发modular psychiatry好歹也要有个external validation set吧。不过想想,他们用了一堆任务态的ROI,怎么变出来external validation set😀。使用machine learning的注意事项,推荐阅读【传送门】
其实用Sklearn非常容易实现nested CV,这是sklearn给出的nested cv实现的方式👇
GridSearchCV用于kfold找到最优参数,外层的cross_val_score同样用了kfold。可惜作者用的是R,代码分享在SI中。之前在kaggle里看到用R做机器学习,现已绝迹。
显然对于这样的结果,作者可能有点过于乐观了。
补上一份祝福
祝各位牛年牛牛牛牪牪牪犇犇犇
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拿到的审稿意见都是小修
视频就懒得剪了
动物植发都是一个流程