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【linux系统】
leadingsci
伍泳彰,华中科技软件工程硕士。深耕测序行业10年,拥有从0到1的平台搭建经验,能从原始样本核酸提取、测序实验、生信分析、报告解读的全流程独立完成。2012年就职于广州生物岛首批首家企业,开始从事高通量测序行业,第一发明人专利5篇,获2021年中国专利奖。先后负责搭建了,华南首台Life PGM高通量测序平台、全国首个翻译组测序Life Proton高通量测序平台,广州首个illunima的Novaseq高通量测序平台,2000平医检遗传NGS平台。涵盖组学:遗传全外、CNV-Seq、全转录组、宏基因组。具有熟练的Python编程和企业级生信分析流程搭建的能力,具有从生信指导测序实验问题的能力。
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0001-【linux系统】-用于生物信息分析该如何安装ubuntu系统?
1. 生信软件系统的选择——Linux(ubuntu)对于生信分析人员来说,日常工作,软件运行,跑流程,均在linux下操作。当然,也有基于云端的生信分析平台,如免费的Galaxy,或者某些 公司的一站式云平台。比较初学者学生物信息还是使用开源软件、学原理、一步一步运行才有意思。这路子,一定要适应Linux的命令行界面。选择windows还是linux? 一定是linux,windo...原创 2018-06-02 23:04:25 · 5579 阅读 · 0 评论 -
0038-【Linux系统】-ubuntu18.04无法输出"(" 问题,解决方法
系统版本为:ubuntu18.04稳定版1. 例子,输入一个for循环,实用(括号#!/bin/bashfor i in (1..6)do echo $idone2.显示报错信息,bash sh ./ 三种方法都不能运行,vi,vim编辑器都不行$bash test2.shtest2.sh: line 2: syntax error near unexpec...原创 2018-06-09 19:05:01 · 581 阅读 · 0 评论 -
0058-【linux系统】-ubunt18.04虚拟机突然无法上网解决方法
1. 问题前段时间还正常上网,使用者突然无法联网。尝试措施: 1. 检查宿主主机,能正常联网 2. linux的ifconfig显示,没有固定IP$ifconfig lo: flags=73<UP,LOOPBACK,RUNNING> mtu 65536 inet 127.0.0.1 netmask 255.0.0.0 inet6...原创 2018-07-01 13:00:30 · 7996 阅读 · 13 评论 -
0061-【linux系统】-git中的子模块gitmodules的使用
添加为当前工程添加submodule,命令如下:git submodule add 仓库地址 路径其中,仓库地址是指子模块仓库地址,路径指将子模块放置在当前工程下的路径。 注意:路径不能以 / 结尾(会造成修改不生效)、不能是现有工程已有的目录命令执行完成,会在当前工程根路径下生成一个名为“.gitmodules”的文件,其中记录了子模块的信息。添加完成以后,再将子模块所在...原创 2018-07-08 19:58:45 · 502 阅读 · 0 评论 -
0059-【linux系统】-Ubuntu的apt-get和dpkg软件安装管理
Ubuntu Debian系统安装软件一般都是deb包, apt-get install * 也就是从源服务器下载deb包然后安装apt-getUbuntu系列软件管理:apt-get install * //安装某个软件包apt-get remove/autoremove * //移除软件包apt-get purge * //移除软件包和它的配置文件(常用)purge : 净化...原创 2018-07-06 21:16:29 · 157 阅读 · 0 评论 -
0060-【linux系统】-Ubuntu安装Jupyter Notebook
Jupyter Notebook是Ipython的升级版,而Ipython可以说是一个加强版的交互式 Shelljupyter notebook的安装和打开安装非常简单,在终端输入:pip install jupyter打开jupyter notebook 也只需要在终端输入:jupyter notebook远程访问配置1. 生成登录密码打开ipyt...原创 2018-07-07 10:20:24 · 243 阅读 · 0 评论 -
0064-【Linux系统】-取消win10账号密码登陆
就像按开机键就直接进入系统。每次都是win10开机,都要输入密码等待,输入密码后,系统接着需要时间初始化。1,按win+R键,输入 Control Userpasswords22,取消上打钩,按应用。重新输入密码 重启后,免密码登录,成功、...原创 2018-08-24 22:08:48 · 334 阅读 · 0 评论 -
0065-【Linux系统】-ubuntu系统更新方法
例如,win10自带的Ubuntu系统,安装了18.04稳定版,但由于是不完全的ubuntu,最好还是进行软件更新,系统更新以下。更新ubuntu系统的apt资源。sudo apt-get update接着执行:sudo apt-get upgrade用于对当前已经安装的包进行升级。接着执行上述命令如果出现不成功的提示,有可能是因为软件包之间的依赖关系导致的...原创 2018-08-24 22:31:42 · 251 阅读 · 0 评论 -
0070-【Linux系统】-VMware虚拟机中Ubuntu18.04无法连接网络的有效解决办法
对VMware虚拟机进行恢复默认网络设置恢复虚拟网络默认设置(在断网状态下):1)Ubuntu网络设置自动获取IP依次单击【System Settings】–>【Network】–>【Wired】–>【Options…】,如下图所示:2)VMware重置【Edit】–>【Virtual Network Editor…】 3)...原创 2018-09-12 11:15:50 · 10807 阅读 · 0 评论 -
0071-【Linux系统】-git管理命令
基本语法内置语法start a working area (see also: git help tutorial)# 克隆,初始化 clone Clone a repository into a new directory init Create an empty Git repository or reinitialize an existing...原创 2018-09-12 14:44:21 · 127 阅读 · 0 评论 -
0072-【Linux系统】-codna无法安装软件报错
原因由于第一次安装了conda,但非自己想要的conda安装目录,通过以下命令进行卸载,后重新安装,重新定义新的安装路径。#### 卸载condarm -rf ~/miniconda3/conda clean -ivim ~/.bashrc# added by Miniconda3 installerexport PATH="/home/toucan/miniconda3/bi...原创 2018-09-13 18:01:08 · 2761 阅读 · 0 评论 -
0073-【Linux系统】-Git大全-常用命令
Git大全参考文章:https://gitee.com/all-about-gitgit - 简易指南http://www.bootcss.com/p/git-guide/廖雪峰 | Git教程Git - BookPro GitGithttps://www.liaoxuefeng.com/wiki/0013739516305929606dd18361248578c67b8067c8c0...原创 2018-09-20 16:43:21 · 184 阅读 · 0 评论 -
0075-【Linux系统】-gitlab部署常见问题
git文件过大无法上传解决原因:http.postBuffer默认上限为1M。解决办法:在git的配置里将http.postBuffer变量改大一些即可,比如将上限设为500M:git config --global http.postBuffer 524288000,之后就能顺利上传了。...原创 2018-09-20 23:24:58 · 136 阅读 · 0 评论 -
0093-【Linux系统】-Vim增强工具设置
Vim增强工具设置操作准备:vim ~/.vimrc1. 缩进 & 制表符使 Vim 在创建新行的时候使用与上一行同样的缩进:set autoindent2. 设置文件里的制表符 (TAB) 的宽度(以空格的数量表示):set tabstop=43. 设置移位操作 >> 或 << 的缩进长度(以空格的数量表示):set shiftwidth=4...原创 2018-11-17 19:51:22 · 217 阅读 · 0 评论 -
0093-【linux系统】-命令行增强版
命令行增强版参考文章:CLI: improvedhttps://remysharp.com/2018/08/23/cli-improvedbat > catcat 用于打印文件的内容,如果你平时用命令行很多的话,例如语法高亮之类的功能会非常有用。我首先发现了 ccat[1] 这个有语法高亮功能的工具,然后我发现了 bat[2],它的功能有语法高亮、分页、行号和 git 集成。ba...原创 2018-11-18 01:07:05 · 544 阅读 · 0 评论 -
0036-【Linux系统】-如何命令后台执行
当命令需要长时间运行,或者网络不稳定,担心当前窗口会断线的情况下,往往需要后台执行,以免窗口不小心关闭,导致命令中断。知识点& 指定命令后台运行fg 将后台命令放到前台Ctrl Z 将命令暂停bg 将暂停后的命令放到后台,并重新激活% 将最经一次的后台命令,放到前台,与fg功效一样jobs 查看当前窗口下有哪些运行的后台命令注意:这些命令,仅限在当前的窗口有效...原创 2018-06-09 11:50:44 · 352 阅读 · 0 评论 -
0035-【Linux系统】-编辑命令行快捷键
对于编辑命令行是日常必备的事情,单纯使用键盘上的箭头→ 和←,由于要离开键盘,避免慢。应该掌握多点快捷键。 注意:某些组合,在xshell命令行中不一定能正常使用。但大部分是可以使用的。1. 【移动光标】 Ctrl+A 标移到行首。它在多数文本编辑器和 Mozilla 的 URL 字段内可以使用。 Ctrl+E 把光标移到行尾。它在多数文本编辑器和 Mozilla 的 URL...原创 2018-06-09 11:18:57 · 336 阅读 · 0 评论 -
0002-【linux系统】-虚拟机如何安装ubuntu系统增强工具安装?
虚拟机增强工具安装无论是VMbox还是VMware都提供增强工具,作用是:全屏,增强屏幕清晰度,鼠标更流畅,宿主与虚拟机之间进行文件拖动,好处多多。安装步骤1. 点击设备,安装增强工具,可以看到有磁盘加载进来。2. 右键open,可以看到光碟里面的内容3. 搜索 Terminal 命令行工具,打开4. 进入目录,并查看光碟内容cd /medi...原创 2018-06-03 16:01:21 · 6241 阅读 · 0 评论 -
0003-【linux系统】-虚拟机如何的快照与克隆备份
由于在实验环境中,对于初学者,无可避免,可能回出现系统故障,无法修复的现在,因此,需要提前对系统进行备份。备份的方法分为1.快照占用内存小,备份速度快,能快捷恢复到某个状态,缺点,不能脱离虚拟系统而存在。2. 先进行磁盘清理3 . 快照备份1.克隆可以将整个系统备份到U盘或者其他地方,后续可以对这个备份进行导入,即可此刻的系统。可以脱离虚拟系统。缺点,占...原创 2018-06-03 16:15:49 · 1326 阅读 · 0 评论 -
0004-【linux系统】-虚拟机的网络配置与xshell登录
1. 检查虚拟机是否可以连接外部网络可以连上ping www.baidu.com2. 进行ifconfig查看网络配置显示无法使用ifconfig命令,也无法找到包报错Reading package lists... Done Building dependency tree Reading state information... Done ...原创 2018-06-03 17:03:39 · 305 阅读 · 0 评论 -
0004-【linux系统】-美化linux命令行窗口字体颜色配置
默认情况下,linux系统无法进行区分文件类型,颜色等。非常考验眼力。我们需要对其进行美化1. 打开个人配置文件vi .bashrc2. 正末行转贴代码export JAVA_OPTS=-Djava.awt.headless=trueexport DISPLAT=:0# personalGREEN="\[\e[32;1m\]"BLUE="\[\e[36;1m\]"W...原创 2018-06-03 17:15:40 · 3938 阅读 · 1 评论 -
0005-【linux系统】-xshell快捷键及配置
1. 开启快捷粘贴功能2. 查看快捷键3. 文件传输4. 多窗口操作原创 2018-06-03 17:22:27 · 220 阅读 · 0 评论 -
0006-【linux系统】-vim编辑器安装及配置
vim编辑器基本是日后,最常用的编辑器,所有命令,调试都在vim中进行。1.检查是否已经安装vim,ubuntu默认未安装vim2. 未安装,则进行安装sudo apt install vim3. 创建文件,测试是否正常使用vim aaa.txt4. 切换到root用户su root5. 查看配置文件,并将其增加权限,否则无法写入文件,执行文...原创 2018-06-03 17:38:24 · 217 阅读 · 0 评论 -
0007-【linux系统】-vim编辑器常用命令
三种模式command mode 命令模式insert mode 输入模式last line mode 底行模式1. 命令模式常用指令光标移动h 光标左移动 l 光标右移动 j 光标下移动 k 光标上移动页面移动ctrl + f 向下翻页 fall 下跳 ctrl + b 向上翻页 上b ctrl + d 向下翻半页 down ctrl ...原创 2018-06-03 17:40:43 · 164 阅读 · 0 评论 -
0008-【linux系统】-windons文件传输-lrzsz
从windows快速上传或下载文件到linux中apt install lrzsz上传rz下载sz 单文件名原创 2018-06-03 17:46:06 · 257 阅读 · 0 评论 -
0009-【linux系统】-表格的导入及windons文件末尾字符处理-dos2unix
由于linux命令处理文件时,不能直接读取excel文件,有些软件如python,也不能直接读取excel文件。在windows导入表单时,需要进行格式转换,才便于后续进行文本处理。1. 编辑表格2. 导出为制表符的文本文件3.使用rz上传文件到linux端4. 查看文件的间隔符列与列间隔为tab键,表示为^I 换行符为^M$——这是windows特有的换行符...原创 2018-06-03 17:59:18 · 184 阅读 · 0 评论 -
0010-【linux系统】-linux帮助文档查看方式——help、man、tldr
linux自带man命令,可以快捷查看帮助文档–helpls --helptar --helpmanman lsman tar查询速度很快,但有个缺点就是,输出的手册,均为黑白显示,不美观,难分辨重点。tldr-pages ——一种更好用的帮助文档查询方式tldr全称Too long, Don’t read,翻译成中文就是[太长不读]。tldr根据二八原...原创 2018-06-03 18:19:48 · 720 阅读 · 0 评论 -
0048-【Linux系统】-git版本控制常用命令及github远程库上传
1. git帮助文档$gitusage: git [--version] [--help] [-C <path>] [-c <name>=<value>] [--exec-path[=<path>]] [--html-path] [--man-path] [--info-path] [-p | -...原创 2018-06-21 17:49:27 · 297 阅读 · 0 评论 -
0041-【linux系统】-conda软件安装及生物信息平台配置
Anaconda官网目录https://www.anaconda.com/download/#linuxconda 帮助文档https://conda.io/docs/user-guide/overview.html手册:https://conda.io/docs/_downloads/conda-cheatsheet.pdfbioconda官网https://bioc...原创 2018-06-14 14:35:22 · 4517 阅读 · 0 评论 -
0054-【linux系统】-shell的并行运行工具——Parallel
1. 教程-Quick Introduction to GNU Parallelhttps://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki/Quick-Introduction-to-GNU-ParallelGNU并行是一个处理重复命令的有用工具。 这在生物信息学中尤其有用,在生物信息学中,我们常常希望在大量文件上运行完全相同的命令。 G...原创 2018-06-23 22:50:06 · 1828 阅读 · 1 评论 -
0033-【Linux系统】-配置Shell的读取顺序
1 /etc/profile用于设置系统级的环境变量和启动程序,在这个文件下配置会对所有用户生效。当用户登入(login)时,文件会被执行,并从/etc/profile.d目录的配置文件中查找shell设置。一般不建议在/etc/profile文件中添加环境变量,因为在这个文件中添加的设置会对所有用户起作用。2 ~/.bash_profile该文件是一个用户级的设置,这个文件同...原创 2018-06-09 10:52:22 · 202 阅读 · 0 评论 -
0034-【Linux系统】-ubuntu如何让中文地方日期显示英文格式
在新版的ubuntu18.04中,按默认方式安装后,由于选择了上海作为最近时区,系统默认选择了“汉语”作为系统显示语言。这在命令行中显示感觉,不太雅观。toucan@tssys /home/toucan/Downloads 六 6月 09 08:31 forstart$date2018年 06月 09日 星期六 10:38:53 CST1. 如何将系统语言转为英文...原创 2018-06-09 11:00:50 · 2520 阅读 · 0 评论 -
0094-【linux系统】-Vim增强工具设置
Vim增强工具设置操作准备:vim ~/.vimrc1. 缩进 & 制表符使 Vim 在创建新行的时候使用与上一行同样的缩进:set autoindent2. 设置文件里的制表符 (TAB) 的宽度(以空格的数量表示):set tabstop=43. 设置移位操作 >> 或 << 的缩进长度(以空格的数量表示):set shiftwidth=4...原创 2018-11-18 01:08:07 · 189 阅读 · 0 评论