【宏基因组】
leadingsci
伍泳彰,华中科技软件工程硕士。深耕测序行业10年,拥有从0到1的平台搭建经验,能从原始样本核酸提取、测序实验、生信分析、报告解读的全流程独立完成。2012年就职于广州生物岛首批首家企业,开始从事高通量测序行业,第一发明人专利5篇,获2021年中国专利奖。先后负责搭建了,华南首台Life PGM高通量测序平台、全国首个翻译组测序Life Proton高通量测序平台,广州首个illunima的Novaseq高通量测序平台,2000平医检遗传NGS平台。涵盖组学:遗传全外、CNV-Seq、全转录组、宏基因组。具有熟练的Python编程和企业级生信分析流程搭建的能力,具有从生信指导测序实验问题的能力。
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0011-【宏基因组】-16S流程分析——qiime平台资源列表
qiime是集合众多软件和脚本的16S流程分析平台。优点:相对于mothur平台具有更强的可视化,和易于操作性。qiime1官网:http://qiime.org/ qiime2官网:https://qiime2.org/目前大多数文章仍然使用qiime1来作为分析,和沿用OTU的概念。qiime2具有更高的性能,和可视化。目前,qiime1已经不再维护,qiime2为官方推...原创 2018-06-04 23:04:51 · 1656 阅读 · 0 评论 -
0045【宏基因组】-通过docker常用命令及安装qiime2
Docker简介1.什么是容器一种操虚拟化的方案操作系统级别的虚拟化只能允运行相同或相似内核的操作系统——只能允许linux依赖于linux内核特性:Namespace和C groups(control group)2. 容器的优点内存占用 容器只需要占用应用的内存,而虚拟机需要占用几个G的系统硬件内存硬件消耗 容器与宿主共同占用硬件消耗。而虚拟机需要单独...原创 2018-06-15 23:33:44 · 1955 阅读 · 0 评论 -
0044-【宏基因组】-16S分析qiime1极简教程
1. 数据介绍FASTQ数据下载 - EBI - SRA数据地址: https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA246490Study: PRJNA24649016S rRNA sequencing of soil microbial community metagenome 土壤微生物SRP041809 副登录号Descriptio...原创 2018-06-15 11:34:15 · 9727 阅读 · 1 评论 -
0043-【宏基因组】-16S分析使用conda安装qiime1平台
1. 安装miniconda下载页面https://conda.io/miniconda.html bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh2. 安装qiime1由于qiime1官网已经停止维护,且有些依赖包只能使用旧版本,因此,建议使用虚拟环境的方法进行安装。不然会与系统的软件冲突。如系统默认版本为python3,matplotlib版...原创 2018-06-15 09:34:37 · 3414 阅读 · 1 评论 -
0042-【宏基因组】-qiime1问题列表-make_rarefaction_plots.py无法画图
1.多样性分析的步骤core_diversity_analyses.py 1. single_rarefaction.py——Rarify the OTU table 2. beta_diversity.py——-beta多样性 3. principal_coordinates.py——PCoA图形化 4. alpha_diversity.py——-Alpha多样性 5. make_...原创 2018-06-15 09:31:48 · 1399 阅读 · 0 评论 -
0049-【宏基因组】-16S分析qiime1极简教程2
1.软件安装qiime1.9.1——conda install qiimeFLASh——conda install flash2. 数据和文件准备# pair fastq原始数据$lt rawdata/total 3.8M-rw-r--r-- 1 toucan toucan 65 Sep 23 2017 A.mf-rw-r--r-- 1 toucan touca...原创 2018-06-22 13:26:39 · 6608 阅读 · 0 评论 -
0030-【宏基因组】-基于参考比对的肠型在线分类工具
1. 肠型被描述为“在群落组成的多维尺空间中样品密集的集群”,并且其不会受年龄、性别、文化背景和地理位置的影响。对每一种肠型的特性研究,发现共存的微生物网络中心存在一种指示/驱动类群,即这一类微生物与给定的肠型最相关。2. 肠型分为3种,且可以混合存在肠型1,又可以表示为ET B,Bacteroides(拟杆菌)是其最好的指示类群;肠型2,又可以表示为ET P,是由Prevote...原创 2018-06-06 22:49:37 · 852 阅读 · 0 评论 -
0047-【宏基因组】-qiime2官方教程实践3-Atacama soil microbiome
1. 数据来源文章文章:研究方法: 本实验研究对像为智利北部的阿塔卡马沙漠。 此地为世界上最干旱的地区之一,其中有些地方十年降水量不足1毫米。尽管这里极端干旱,但仍有微生物生活在这里。我们的采样地点为东部的Baquedano和西部的Yungay,发现土壤温度与降水量正相关。在这两个地点,我们挖坑,并在不同深度取三组样品。软件版本: qiime2-2018.42. 数据准备...原创 2018-06-21 11:18:43 · 776 阅读 · 0 评论 -
0047-【宏基因组】-qiime2官方教程实践2-Microbiota Transfer Therapy
1. 数据来源文章文章名称: Microbiota Transfer Therapy alters gut ecosystem and improves gastrointestinal and autism symptoms: an open-label study 文章链接: https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/1...原创 2018-06-21 11:03:24 · 1620 阅读 · 0 评论 -
0046-【宏基因组】-qiime2官方教程实践1-Moving pictures of the human microbiome
1. 数据文章——Moving pictures of the human microbiome文章下载:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21624126样本选取: 2个生物个体,4个部分,396个时间点文库构建: Meta16S V4区文库测序策略: illunima 、454 不同区域,选择不同的二代测序平台信息分析: qi...原创 2018-06-21 10:23:05 · 6048 阅读 · 0 评论 -
0046-【宏基因组】-16S分析使用conda安装qiime2平台
1. 官网官网qiime2的conda方法安装教程官网: https://docs.qiime2.org/2018.4/install/native/由于docker的方法下载中断,无法安装。虚拟机的方法下载又太大,那就通过conda的方法来进行安装,解决软件的依赖关系。2. 软件版本2018.04下载指定虚拟环境名称为qiime2-2018.4 ,指定软件的参数文件安...原创 2018-06-20 17:06:31 · 2400 阅读 · 0 评论