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【Linux-Shell】
leadingsci
伍泳彰,华中科技软件工程硕士。深耕测序行业10年,拥有从0到1的平台搭建经验,能从原始样本核酸提取、测序实验、生信分析、报告解读的全流程独立完成。2012年就职于广州生物岛首批首家企业,开始从事高通量测序行业,第一发明人专利5篇,获2021年中国专利奖。先后负责搭建了,华南首台Life PGM高通量测序平台、全国首个翻译组测序Life Proton高通量测序平台,广州首个illunima的Novaseq高通量测序平台,2000平医检遗传NGS平台。涵盖组学:遗传全外、CNV-Seq、全转录组、宏基因组。具有熟练的Python编程和企业级生信分析流程搭建的能力,具有从生信指导测序实验问题的能力。
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0012-【linux命令】-下载工具wget和curl比较
curl和wget有什么区别wget是个专职的下载利器,简单,专一,极致;而curl可以下载,但是长项不在于下载,而在于模拟提交web数据,POST/GET请求,调试网页,等等。在下载上,也各有所长,wget可以递归,支持断点;而curl支持URL中加入变量,因此可以批量下载。个人用途上,我经常用wget来下载文件,加 -c选项不怕断网;使用curl 来跟网站的API 交互,简便清晰。...转载 2018-06-04 23:07:03 · 1172 阅读 · 0 评论 -
0083-【Linux-Shell】-date命令格式
获得当天的日期date +%Y-%m-%d输出: 2011-07-28date1=$(date --date='1 days ago +%Y%m%d') #前一天的日期date1=$(date --date='2 days ago +%Y%m%d') #前l两天的日期将当前日期赋值给DATE变量DATE=$(date +%Y%m%d)有时候我们需要使用今天之前或者往后的日期...原创 2018-10-07 13:02:45 · 454 阅读 · 0 评论 -
0082-【Linux-Shell】-标准输入标准输出
标准输入标准输出标准错误command > filename 把把标准输出重定向到一个新文件中command >> filename 把把标准输出重定向到一个文件中(追加)command 1 > fielname 把把标准输出重定向到一个文件中command > filename 2>&1 把把标准输出和标准错误一起重定向到一个文件中...原创 2018-10-07 11:53:46 · 688 阅读 · 0 评论 -
0077-【Linux系统】-for循环的三种使用方法
一 常用for循环结构#语法一for 变量 in 值1 值2 值3.. do 程序块儿 done # #语法二for 变量 `命令` do 程序块儿 done # #语法三for ((初始值; 循环控制; 变量变化)) do 程序块儿 done二 常用测试结构1. 输出3次uptime#!/bin/ba...原创 2018-09-27 10:48:50 · 678 阅读 · 0 评论 -
0037-【Linux-Shell】-Linux_Shell脚本攻略-第一章-小试牛刀
Linux_Shell脚本攻略-第一章-小试牛刀1.1 简介脚本开头格式编写vim work.sh#!/bin/bashecho "hello world"文件保存后,输出权限,没有执行权限-rw-rw-r-- 1 toucan toucan 31 Jun 9 16:26 work.sh可以使用sh直接运行$sh work.shhello world但...原创 2018-06-09 18:33:26 · 243 阅读 · 0 评论 -
0040-【Linux-Shell】-帮助文档格式和转义序列
1. 程序帮助文档的规范2. 转义序列原创 2018-06-13 10:15:00 · 241 阅读 · 0 评论 -
0039-【Linux-Shell】-软件工具的原则
shell脚本简洁,易懂,且运行速度比C程序快,非常适合文本处理和搭建工作流程。应遵循以下软则软件工具的原则一次做好一件事处理文本行,不要处理二进制数据使用正则表达式默认使用标准输入/输出避免喋喋不休输出格式必须与可接收的输入格式一致让工具去做困难的部分构建特定工具前,先想想...原创 2018-06-13 09:21:45 · 140 阅读 · 0 评论 -
0090-【Linux-Shell】-xargs使用方法
xargsxargs 是给命令传递参数的一个过滤器,也是组合多个命令的一个工具。xargs 可以将管道或标准输入(stdin)数据转换成命令行参数,也能够从文件的输出中读取数据。xargs 也可以将单行或多行文本输入转换为其他格式,例如多行变单行,单行变多行。xargs 默认的命令是 echo,这意味着通过管道传递给 xargs 的输入将会包含换行和空白,不过通过 xargs 的处理,换行...原创 2018-11-14 22:17:04 · 244 阅读 · 0 评论