0043-【宏基因组】-16S分析使用conda安装qiime1平台

1. 安装miniconda

下载页面https://conda.io/miniconda.html

 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 安装qiime1

由于qiime1官网已经停止维护，且有些依赖包只能使用旧版本，因此，建议使用虚拟环境的方法进行安装。不然会与系统的软件冲突。如系统默认版本为python3,matplotlib版本为最高级。

命令解析：
- 创建虚拟环境qiime1
- 指定安装的软件python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose
- 指定channel的通道bioconda

conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda

安装完成后,底部显示：

#
# To activate this environment, use:
# > source activate qiime1
#
# To deactivate an active environment, use:
# > source deactivate
#

查看虚拟环境

$conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /home/toucan/miniconda3
qiime1                   /home/toucan/miniconda3/envs/qiime1

激活虚拟环境

环境激活后，前头显示虚拟环境的名称

$source activate qiime1
(qiime1) toucan@tssys /home/toucan/software  Thu Jun 14 16:58  forstart

# 确认是否安装成功
print_qiime_config.py -t

命令查看

/home/toucan/miniconda3/envs/qiime1/bin/

关闭环境

关闭环境后，会自动退出虚拟环境的前缀

(qiime1) toucan@tssys /home/toucan/software  Thu Jun 14 17:05  forstart
$source deactivate qiime1
toucan@tssys /home/toucan/software  Thu Jun 14 17:06  forstart

安装非常顺利，大概5min。相比虚拟机，本地安装，conda实在太快了。

使用报错

执行join_paired_ends.py报错Cannot find fastq-join

通过 conda 安装 qiime 1后，在执行join_paired_ends.py时报错：

burrito.util.ApplicationNotFoundError: Cannot find fastq-join. Is it installed? Is it in your path?

这是因为系统里没有fastq-join

在虚拟环境下，在终端执行以下命令安装ea-utils

sudo apt install ea-utils

—

conda直接系统环境安装

# 直接安装
conda install qiime

# 测试是否安装成功，正常输出显示为1.9.1版本
print_qiime_config.py -t

# 更新qiime
conda update qiime

—

ubuntu的apt安装

sudo apt install qiime