0030-【宏基因组】-基于参考比对的肠型在线分类工具

1. 肠型

被描述为“在群落组成的多维尺空间中样品密集的集群”，并且其不会受年龄、性别、文化背景和地理位置的影响。对每一种肠型的特性研究，发现共存的微生物网络中心存在一种指示/驱动类群，即这一类微生物与给定的肠型最相关。

2. 肠型分为3种，且可以混合存在

1. 肠型1，又可以表示为ET B，Bacteroides(拟杆菌)是其最好的指示类群；
2. 肠型2，又可以表示为ET P，是由Prevotella(普氏菌)驱动的，它的丰度通常与拟杆菌的丰度成反比；
3. 肠型3，又可以表示为ET F，是通过Firmicutes(厚壁菌)占比高低来区分的，其中最主要的类群为Ruminococcus(瘤胃球菌)。

3. 肠型在线分类工具

工具网站：http://enterotypes.org/

理论文章：Enterotypes of the human gut microbiome-人体肠型的划分

文献：https://www.nature.com/articles/nature09944

包含三大数据集

发现网站共包含了非常宝贵的数据，特别是中国人的疾病数据，以后进一步细看文章内容

278个健康人的非肥胖和肥胖人样品数据集

Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers-肥胖人肠道微生物的生物标志
文献：https://www.nature.com/articles/nature12506
测序数据：
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB4336
测序类型：宏基因组

中国人二型糖尿病患者宏基因组数据

A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes-二型糖尿病人的肠道宏基因组
文献：https://www.nature.com/articles/nature11450
测序数据：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRA045646
测序类型：宏基因组

人类基因组计划的粪便样品

Structure, function and diversity of the healthy human microbiome-人体肠道微生物的结构功能和多样性
文献：http://dx.doi.org/10.1038/nature11234
测序数据：242例临床筛查的无病个体中，收集了多达18个位点的微生物组样本
测序类型：16S、宏基因组

参考文章：
Nature Microbiology：肠道菌群如何划分肠型
https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/79167163