首先,运行,打开界面如图所示。对于绘制质粒图谱,我们可以选择新建dna文件,将质粒序列复制到对话框中。
除此之外,还有两种方法可以使用。1、使用SnapGene 打开gbk文件。2、点击Import,输入NCBI中的登录号。后面两种方法可以将注释到的蛋白直观的显示在质粒图谱中。我们以NCBI中的MF136779质粒为例,如下图所示。
输入登录号后点击Import(或者打开下载好的gbk文件)进入主界面,操作区域主要可以分为左侧的工具栏,和下方的视图栏。
1、Map视图
导入序列后,SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点,并在图谱中标注出来。如果觉得呈现在图谱上太过繁琐,可以点击左侧最上方的图标将其去除,如下图。
除了这种圈型图谱外,还可以根据自己的需求,转变成不同的表现形式。比如,可以将蛋白标签调至最外圈,或者将其展现为线型图谱。