R语言绘制小提琴图与漂亮的云雨图绘制

一.读入数据

如果你想获取该数据用于自己练习，下面是获取数据的地址：

见文末

 

数据格式是这样的。

数据第A列是病人ID，B~E列是临床信息，其他列是病人的RNAseq数据。

你可以保存副本导出，然后自己读入。

 

 

library(ggplot2) library(grid) library(RColorBrewer) library(dplyr) library(SuppDists) #提供rJohnson()函数

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data <- read.csv("BioInfoNotesData1.csv",row.names = 1)

 

假如我们需要绘制某基因在不同分期的表达情况。

 

 

f2.data <- data[,c(1,8)] colnames(f2.data) <- c("Stage","Value") table(f2.data$Stage

 

先检查数据是否有缺失值，分期信息不知用N来表示，可以删除这些数据。

 

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f2.data<-f2.data[f2.data$Stage!="N",] head(f2.data

 

二.绘图

1.小提琴图

ggplot绘图系统中，小提琴图用geom_violin函数。

 

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