PanglaoDB的背景介绍
单细胞相关的研究数据常常以原始数据的形式存储,由于需要使用复杂的计算流程进行数据处理,生物研究人员很难访问这种格式的数据。搭建了PanglaoDB数据库,通过基于web的接口来探索scRNA seq数据,彻底降低生物研究人员的入门成本。
PanglaoDB数据库,这是2019年年初发布的一个单细胞转录组数据库包含了超过1000个单细胞实验的预处理和预计算分析,涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程,基于来自各种组织和器官的超过400万个细胞。同时包含了6000多个marker基因,可用于细胞分群注释的marker数据库。它的数据主要源于已经公开发表的单细胞转录组数据。
该数据库包含了超过1054个单细胞实验的预处理和预计算分析,涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程,基于来自各种组织和器官的超过400万个细胞,在线界面允许用户查询和探索细胞类型。
但是从上面的截图来看,老鼠的数据是要多于人类的,但是这不影响我们选择这个数据库的原因,因为单细胞不管是从注释上来说,还是从资源获取上来说,都是多途径多维度比较好~
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