外泌体(exosomes)是一类由细胞分泌的胞外囊泡结构,依据大小和发生分为三类即外泌体、微泡和凋亡小体。外泌体包含RNA,蛋白质和脂质,在疾病标志物、生理病理功能、天然药物载体等方面都被发现扮演着很重要的角色。近几年里,国自然项目中外泌体的中标项目飙升,成为国自然“新宠”。
小编今天为大家分享九大外泌体数据库,助您了解和使用这些数据资源,更好地开展外泌体研究工作。
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ExoCarta数据库:外泌体蛋白质、RNA和脂质体数据库
ExoCarta数据库是一个涵盖外泌体蛋白质、RNA、脂质体以及生物标志物的综合数据库。
当前收录了包括人、大鼠、小鼠、绵羊、豚鼠、果蝇、马、牛等物种来源的286项研究数据,总计超四万个蛋白数据,近5000个mRNA,近3000个miRNA、1000多个脂质数据。
ExoCarta数据库与Vesiclepedia数据部分相通,具有动态的蛋白质-蛋白质相互作用网络和外泌体蛋白质的生物学途径研究板块。可以下载最常用的外泌体蛋白,下载的文件可直接导入FunRich工具中,进行其他功能、生物学途径和交互网络分析。此外ExoCarta数据库可作为候选外泌体标记和突变致癌蛋白的储存库。
02
Vesiclepedia 数据库:外泌体蛋白质、RNA和脂质体数据库
Vesiclepedia数据库是一个细胞外囊泡分子数据(脂质、RNA和蛋白质)的手工检索数据库。
目前Vesiclepedia数据库收录了41个物种的1254项EVs研究的将近35万个蛋白数据,27646个mRNA,10520个miRNA、639个脂质数据。
Vesiclepedia数据库主要包括Apoptotic blebs 凋亡小泡、Exosomes 外泌体、Microparticles 微粒体、 Microvesicles 微囊泡等细胞外囊泡数据。
Vesiclepedia数据库可以根据物种、囊泡、分子和样品类型等不同的搜索条件来检索和下载数据,不仅提供了与EVs鉴定分子研究相关的实验描述和分子数据,而且支持鉴定Western blotting以及基于质谱仪的肽细节和串联质谱数据。另外,Vesiclepedia数据库还提供FunRich插件,以供用户进行进一步的数据分析。
FunRich数据分析
FunRich是一个独立的软件工具,主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析。分析结果可以以韦恩图,条形图,柱形图,饼图等图形表示。
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