单细胞测序数据库神器，零代码，多物种，简直太实用了

　　目前单细胞RNA测序数据分析面临的一个挑战是细胞簇的功能注释。不同细胞类型中的通路具有不同的激活模式，使用单细胞转录组数据有助于理解这些细胞的功能，而针对单细胞数据进行通路富集分析在线工具对于不会编程但想挖掘单细胞数据的同学来说简直就是福音啊。

　　今天就给大家介绍下温州医科大学苏建忠教授课题组开发的scTPA，网址为

　　sctpa.bio-data/sctpa。这款工具于2022年5月表于国际知名期刊Bioinformatics（影响因子：5.61）

　　

　　也给大家看一下苏教授的英姿（照片来源于温州医科大学附属眼视光医院官网导师风采）

　　

　　下面将由小鹿给大家介绍一下这款工具的使用：

　　进入主页后，需要用户点击的选项一览无余。

　　

　　Species里可以根据自己的数据来源选择“人”（Homo sapiens）或者“小鼠” (Mus musculus)。“scRNA-Seq profile”的选项里，可以根据自己的数据性质进行选择，count是基因被读取到的次数，而下面的“TPM/CPM/FPKM/RPKM”则是校正后的数据。

　　“Cell type label”则是可选项，可以选择用网站自己的label也可以提交自己的label，格式如下，需要使用逗号分隔或者是tab分隔号分隔。

　　

　　通路选择里，主要有3个选项，包括经典通路选项里包括如下通路，每类通路下还包含不同数据库来源。比如General pathway就包括KEGG、Panther、BioCarta、PID和Reactome。

　　

　　Extended pathways的选项里则包含有不同数据库来源和分类的通路，例如经典的Hallmark、Cancer modules、免疫的signature等等。

　　

　　当然用户也可以在“User defined pathway”里提交自己的通路mark。最后，用户可以直接点击Run进行提交，也可以留下一个email地址，等待分析结果完成后给用户发邮件。

　　Job创建后，页面会显示如下界面：

　　

　　网页运行完分析后会出现如下界面，点击Download pathway activity score可以得到每个细胞在每个通路上的score（类似于一个表达矩阵的结果），点击“Download marker pathway”可以下载不同细胞类型每个通路的差异激活结果。

　　Pathway activity profile里会展示具有高变异度的通路的热图。

　　

　　Non-linear dimensional reduction这部分会展示使用t-SNE或UMAP方法进行非线性降维的结果，可以展示2D或者3D的figure。

　　

　　然后网页展示了不同细胞类型特异性激活通路的统计结果：

　　

　　以及具有显著差异的通路的heatmap。

　　然后可以让网页展示不同通路激活的分布情况，以及细胞的不同通路的score：

　　

　　最后是该通路下的基因的表达热图，帮助用筛选鉴定marker基因和调节基因。

　　

　　关于网站的介绍就到这里了，单细胞研究越来越火的情况下，希望小鹿介绍的scTPA可以帮助大家挖掘到宝贝。