超详细解读带你读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述)

本文详述了单细胞RNA测序分析的步骤和注意事项,包括预处理、下游分析等,并提供了最佳方法和工具的推荐。作者通过独立的比较研究和案例分析,为新手和经验丰富的用户提供了一份单细胞转录组分析的指南,以应对分析流程的标准化挑战。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Abstract

单细胞RNA-seq使研究者能够以前所未有的分辨率研究基因表达图谱。这一潜力吸引着更多科研工作者应用单细胞分析技术解决研究问题。随着可用的分析工具越来越多,如何组合成一个最新最好的数据分析流程也越来越难。我们详细阐述了一个典型的单细胞转录组分析各个步骤的细节和注意事项,包括预处理(质控、标准化、数据校正、特征选择、降维)和细胞/基因水平的下游分析等。基于独立的比较研究,我们为每一步都推荐了当前最好的方法和操作建议。随后把这些最好的工具整合成一个分析流程并应用于一套公共数据集的分析以演示其效果。案例研究具体可见https://www.github.com/theislab/single-cell-tutorial。这篇综述为这个领域的新人提供了一份学习单细胞分析的指南,并且也能帮助老用户更新他们的分析流程。

背景

近年来,单细胞RNA测序(scRNA-seq)大大提高了我们对生物系统的了解。我们已经能够在研究斑马鱼、青蛙和涡虫zebrafish, frogs and planaria)等生物细胞异质性的同时发现先前未知的细胞群体。这项技术的巨大潜力激励了计算生物学家开发了一系列分析工具。尽管开发者为了确保单个工具的可用性付出了巨大的努力,但是由于该领域的相对不成熟,对于单细胞数据分析的新手来说,入门的障碍是缺少一份标准指南。在本文中,我们提供了一份scRNA-seq分析的参考教程,并概述了当前的最佳实践方案,为将来的分析标准化奠定了基础。

分析标准化面临的挑战来源于越来越多的可用分析方法(截至2019年3月7日有385种工具)和数据集规模爆炸性的提高。使得我们一直在寻找新的方法来分析处理我们的数据。例如,最近已经有方法可以预测细胞分化过程中的命运选择。尽管分析工具的不断改进有助于产生新的科学推论,但它也使分析流程的标准化变得更为复杂。

标准化的另一个挑战在于软件技术方面。用于scRNA-seq数据的分析工具是用不同的编程语言编写的 - 最主要的是RPython。尽管跨编程语言的支持越来越多,但使用的编程语言确实影响了对分析工具的选择。诸如SeuratScaterScanpy等常用工具提供了集成环境来开发流程并包含大量分析工具。然而,出于维护的需要, 这些平台限制了它们只能使用各自的编程语言开发的工具。

 

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在R语言中,可以使用一些常用的包来进行单细胞测序数据分析,并去除非编码RNA。下面是一个示例代码,演示了如何使用`Seurat`包来去除非编码RNA: ```R # 安装和加载Seurat软件包 if (!requireNamespace("Seurat", quietly = TRUE)) { install.packages("Seurat") } library(Seurat) # 读取单细胞测序数据 # 这里假设你的数据已经存储在一个Seurat对象中,命名为"seuratObj" seuratObj <- Read10X("path/to/your/data") # 进行预处理和标准化 seuratObj <- NormalizeData(seuratObj) seuratObj <- FindVariableFeatures(seuratObj) seuratObj <- ScaleData(seuratObj) # 去除非编码RNA # 这里假设你已经有一个非编码RNA的注释信息,存储在一个数据框或数据表中,命名为"noncodingRNA" # 可以根据注释信息的基因名称或转录本名称来匹配并去除非编码RNA seuratObj <- subset(seuratObj, features = !(rownames(seuratObj) %in% noncodingRNA$gene_name)) # 其他数据分析步骤... # 在去除非编码RNA之后,你可以继续进行其他的单细胞测序数据分析步骤,如聚类、降维、差异表达分析等。 # 聚类和可视化 seuratObj <- FindNeighbors(seuratObj) seuratObj <- FindClusters(seuratObj) seuratObj <- RunUMAP(seuratObj) seuratObj <- FindMarkers(seuratObj) # 可视化聚类结果 DimPlot(seuratObj, group.by = "cluster") # 输出处理后的数据 # 如果需要将处理后的数据保存为Matrix Market格式,可以使用writeMM函数 writeMM(seuratObj, file = "path/to/output.mtx") ``` 请注意,这只是一个示例代码,你需要根据你的具体数据和需求进行相应的修改和调整。同时,非编码RNA的注释信息也需要根据你的数据来源和分析目的进行相应的获取和准备。 希望这个示例代码对你有帮助!如果还有其他问题,请随时提问。
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