本文详细描述了一种比对策略，其中65.85%的reads在两端都和谐比对，但有1.22%能在不和谐情况下比对。进一步分析了不成功比对的pair和reads的处理过程，最终计算出整体的比对率为0.4803。
1，比对后的输出为：
416514 reads指的是有416514 pairs pf reads
它的比对策略是先比对两端都和谐比对上（aligned concordantly，指read1和read2的方向和距离都合适）的。
然后发现274284 (65.85%) aligned concordantly 0 times，进一步对这部分进行解析，发现这其中有3358 (1.22%) 能不和谐比对上（aligned discordantly）
最后再对pair比对不上的拆分成read 1，read 2比对（270926 pairs由541852 mates组成），再统计单条reads比对上的情况。
overall比对率的计算方法：
(51100+57804+3358X2+27792X2+114438X2)/(416514X2)=0.4803
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