HISAT2双端read比对结果解释

已于 2024-04-03 11:42:49 修改
阅读量727 收藏
点赞数 2
分类专栏： 生物信息 文章标签： 机器学习
于 2024-02-26 20:12:24 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/linkequa/article/details/136307433
版权

1，比对后的输出为：

在这里插入图片描述

416514 reads指的是有416514 pairs pf reads
它的比对策略是先比对两端都和谐比对上（aligned concordantly，指read1和read2的方向和距离都合适）的。
然后发现274284 (65.85%) aligned concordantly 0 times，进一步对这部分进行解析，发现这其中有3358 (1.22%) 能不和谐比对上（aligned discordantly）
最后再对pair比对不上的拆分成read 1，read 2比对（270926 pairs由541852 mates组成），再统计单条reads比对上的情况。
overall比对率的计算方法：

(51100+57804+3358X2+27792X2+114438X2)/(416514X2)=0.4803

JasonKQLin
关注
专栏目录
Hisat2 bowtie2比对结果解读（Hisat2 Alignment summary）
weixin_34191845的博客
03-10 3026
RNA-seq数据的比对结果怎么解读？网上有很多人问，这里做一个大致的总结。 Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的，如下： Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints messages summarizing what happened. These messages ...
个人理解hisat2 mapping 结果，并计算overall alignment rate
samhuairen的专栏
02-11 6472
理解hisat2软件给出的mapping的总结，这部分总结分为三个部分： 第一个部分是成对的reads能够合理的mapping在基因组上，什么是合理的mapping？ 成对的reads都是有方向的，有位置的，合理的mapping指的是这些reads对能够按照reads的坐标mapping到基因组的坐标上，包括mapping了仅一次，或者reads对mapping了多次，这都是合理的mapping...
HISAT2序列比对
qq_27390023的博客
10-10 2674
HISAT2是一种快速、灵敏的比对程序，用于将下一代测序读数（全基因组、转录组和外显子组测序数据）与普通人群（以及单个参考基因组）进行比对。 1.建立索引 建立索引时间长，一般不需要自己建立，常见的基因组索引可以在这里下载。 Usage: hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_index_base> # 建立基因组索引 hisat2-build hg38.fa ht2_hg38 # 建立基因组+转录组+SNP索引 h.
hisat2安装与使用（v2.2.1）bioinfomatics tools 33
最新发布
weixin_44874487的博客
09-21 1490
HISAT2 是一种快速且灵敏的比对程序，可用于将下一代测序读段（全基因组、转录组和外显子组测序数据）比对到人类基因组群体（也可比对到单一参考基因组）。基于对图的 BWT 扩展[1]，我们设计并实现了图 FM 索引（GFM），这是一种原创方法，并据我们所知首次实现。除了使用一个代表总体的全局 GFM 索引外，HISAT2 还使用了一大组覆盖整个基因组的小 GFM 索引（每个索引代表一个 56 Kbp 的基因组区域，共需 55,000 个索引来覆盖人类群体）。
RNAseq---Hisat2 标准输出中比对率信息解读
cfc424的博客
12-02 9896
RNA-Seq—Hisat2 标准输出中比对率信息解读 HISAT2是速度、敏感性和比对率方面比较优秀的比对软件，通常用于比对二代测序产生的RNA-Seq数据。在实际使用时需要统计HISAT2需要对结果中的比对率统计，HISAT2完成比对后标准输出如下： HISAT2 summary stats: Total pairs: 11587225 Aligned concordantly or discordantly 0 time: 4464083
hisat2比对结果图文解析
weixin(JNB)_53443696的博客
08-17 715
用图片的形式展示了对hisat2比对输出的比对情况统计结果的理解。
【bioinfo】hisat2/bowtie2比对结果summary文件解读
lillianqdzpw
10-17 1912
hisat2/bowtie2比对后，比对结果基本信息统计的summary文件解读。
Hisat2 Bowtie2比对结果解读
hs6605015的博客
12-07 8409
Bowtie2用户手册： http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 在看比对结果前需要了解三个概念： 1.Aligned concordantly 合理比对 主要和比对参数：–fr/–rf/–ff 有关，默认是：–fr 在参数–fr下：前两种比对就是合理比对，也即：concordantly，后两种比对会成为不合理比对，也即：aligned discordantly，如果两个reads距离太远也会成为不合理比对。 2.Multiple ali
RNA-seq流程学习笔记（7）-使用Hisat2进行序列比对
热门推荐
垚垚爸的博客
06-02 4万+
参考文章： RNAseq(4)–Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化 RNA-seq(5):序列比对：Hisat2 hisat2比对软件将reads比对到参考基因组 hisat2比对 1. 根据比对目的选择不同软件 RNA-Seq数据分析可以应用于不同目的的研究中，比如说找差异表达基因、或寻找新的可变剪切。如果找差异表达基因，只需要确定不同reads的数目，可以使用bowtie, bwa这类比对工具，或者是salmon这类align-free工具，并且后者的速度更快；如果需要找到新的isofo
RNA-seq——三、使用Hisat2进行序列比对
Dzfly
08-22 4084
Jimmy老师主要演示了四种比对工具，分别为hisat2、subjunc、bowtie2、bwa。除了subjunc能够直接生成bam文件外，这些软件的用法都很相似。需要根据自己的需求来选择对应的软件。这里以使用hisat2为例。
【数据比对hisat2和samtools】零基础看懂运行代码、报错Q&A—结尾有彩蛋
weixin_56701701的博客
12-06 1367
p #多线程数 -x #参考基因组索引文件目录和前缀 -1 #双端测序中一端测序文件 -2 #同上 -S #输出的sam文件；1、进入minhe环境，cd命令进入 ~./miniconda3/pkgs(我的这个项目数据清洗所需软件的默认环境和安装位置，安装位置可以理解为软件的工作路径）所以mRNA反转的cDNA如果比对不到参考序列，会被分开，重新比对一次，判断中间是否有内含子。2、寻找新的可变剪切isoform，RNA的可变剪切，需要看外显子差异，用TopHat, HISAT2或STAR找剪切位点。
hisat2:比对基因组工具简介
庐州月光的博客
09-14 3771
欢迎关注”生信修炼手册”!由于测序仪机器读长的限制，在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化，测序得到的序列只是基因组上的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置，需要将read...
推荐项目：HISAT2 - 高效准确的基因组序列比对工具
gitblog_00086的博客
05-22 734
推荐项目：HISAT2 - 高效准确的基因组序列比对工具 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 项目介绍 HISAT2(Hierarchical Graph FM index for Sequence Alignment) 是一款由 Daehwan Kim 实验室开发的快速且灵敏的序列比对软件，专门设计用于在大规模的人类基因组群体中进行全基因组、转录组和外显子测序数据的...
hisat2比对_RNA-seq流程（cutadapt-hisat2-htseq）
weixin_39639686的博客
12-01 593
1、cutadapt去接头#参考前文https://zhuanlan.zhihu.com/p/232038797​zhuanlan.zhihu.com2、hisat2建索引cd /data2/xxx/data3/3hisat2 hisat2-build -p hisat2-build建索引结果#-x 索引文件，第二步hisat2建立的索引文件前缀 hisat2比对输出结果，sam文件#使用samt...
序列比对 hisat2
生信小博士的博客
12-17 772
转录组入门(5)：序列比对 任务列表 比对软件 hisat2的用法 下载index文件 比对、排序、索引 质量控制 载入IGV，截图几个基因 hisat2的用法 本作业是比对到基因组，所以使用gapped or splices mapper，此流程已经更新。TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti
RNA-seq分析htseq-count的使用
weixin_30709929的博客
07-19 1988
HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data。自发布以来就备受广大分析人员青睐，其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使...
转录组学习之序列比对（Hisat2）[学习笔记通俗易懂版]
qq_74093550的博客
07-25 8917
Hisat2是一款短序列比对的工具，主要用于转录组数据的比对，是Hisat比对工具的升级版。Hisat2优化了索引建立的策略，采用了新的比对策略，使其与Bowtie/TopHat2等软件相比具有更高的敏感性和更快的运算速度。Hisat2支持剪切位点的识别和转录本的重构：Hisat2可以利用已知或发现的剪切位点信息进行剪切比对，提高比对率和准确性；同时，Hisat2可以结合StringTie等软件进行转录本的重构和定量，提供更全面和精确的转录组信息。
Hisat2安装及比对
weixin_56827666的博客
04-27 8994
Hisat2和STAR是目前转录组分析过程中用来做比对的两款主要工具，记得有一篇好像是2017年的文章专门比较了几款转录组比对工具对结果的影响，结论中认为两款软件在实际使用过程中对结果影响及耗时区别不大，我认为选一款就可以，之前总是用STAR,今天试一下Hisat2。一、官网下载软件及安装：https://daehwankimlab.github.io/hisat2/在Download页面，可以看到Hisat2非常友好地提供了二进制的程序及Index(比对时的索引文件)，省去了后续的一些小麻烦。下载完后un
【1】RNA-seq 测序数据之Hisat2比对-featurecount计算-EdgeR分析
AlisLee的博客
12-08 4961
使用Hisat2-featurecount-EdgeR对RNA-seq 测序数据进行快速计算及结果呈现
hisat2比对如何生成正确的代码
06-11
HISAT2 是一款广泛使用的 RNA-seq 数据比对软件，可以将 RNA-seq 数据比对到参考基因组上。为了生成正确的 HISAT2 比对代码，您需要考虑以下几个方面： 1. 参考基因组文件：首先需要准备好参考基因组文件，可以是 FASTA 格式的基因组序列文件，也可以是 HISAT2 索引文件。如果没有可用的参考基因组文件，可以从 NCBI 等公共数据库下载。 2. RNA-seq 数据：需要准备好 RNA-seq 数据文件，可以是单端或双端测序数据，可以是 FASTQ 格式的数据文件，也可以是 SAM 或 BAM 格式的对齐结果文件。 3. HISAT2 命令行参数：在运行 HISAT2 时，需要指定一些命令行参数，以控制比对过程中的各个步骤。例如，可以使用 "-x" 参数来指定参考基因组索引文件，使用 "-U" 参数来指定单端或双端测序数据文件，使用 "-S" 参数来指定输出的 SAM 文件名，还可以使用其他参数来控制比对的参数和输出格式等。 4. 常用参数设置：在实际使用过程中，需要根据具体的数据和分析任务，设置一些常用的参数。例如，可以设置 "-q" 参数来指定 FASTQ 格式的输入数据，使用 "-p" 参数来指定线程数，使用 "--no-spliced-alignment" 参数来禁用剪接比对等。 下面是一个简单的 HISAT2 比对示例： ``` hisat2 -x ref_genome -U reads.fastq -S output.sam -p 4 ``` 该命令将使用参考基因组索引文件 "ref_genome"，对单端测序数据文件 "reads.fastq" 进行比对，输出结果到 SAM 文件 "output.sam" 中，并使用 4 个线程来加速比对过程。 希望这些信息能够帮助您生成正确的 HISAT2 比对代码。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值