trim_galore

最新推荐文章于 2024-08-03 18:44:55 发布
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文章标签： 转录组分析 linux
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版权 
perl /public/software/trim_galore_zip/trim_galore -q 25 --stringency 5 --dont_gzip --fastqc --retain_unpaired -r1 31 -r2 31 --length 30 -o ./ --paired 
--phred33 -a adaptor1 -a2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCATT *_R1.fastq.gz *_R2.fastq.gz


biolxy
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TrimGalore:Cutadapt和FastQC的包装器，可将适配器和质量修整一致地应用于FastQ文件，并具有RRBS数据的附加功能
05-03
要使用，请确保这两款软件都可用，然后将trim_galore脚本复制到PATH上可用的位置。 例如： # Check that cutadapt is installedcutadapt --version# Check that FastQC is installedfastqc -v# Install Trim ...
推荐开源神器：TrimGalore - 高效精准的DNA/RNA序列质控工具
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推荐开源神器：TrimGalore - 高效精准的DNA/RNA序列质控工具 TrimGaloreA wrapper around Cutadapt and FastQC to consistently apply adapter and quality trimming to FastQ files, with extra functionality for RRBS data项目地址:htt...
转录组之质量控制加序列剪切 （fastp）[学习笔记通俗易懂版]
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07-14 5439
fastp这款软件由陈实富开发（海普洛斯 联合创始人 / CTO），可以对转录组下机数据经行质量控制加序列剪切，也就是说该软件可以实现，FastQC两款软件基本功能，并且该软件的速度非常快。各reads的汇总信息，通过该部分，我们可以而后能够清晰的看到各reads的前后质控各种信息，可以为我们后续处理提供帮助
Trim Galero（学习记录-自用）
最新发布
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08-03 855
自动搜选的平台三个，也直接显式输入这三种平台，即--illumina、--nextera和--small_rna。--retain_unpaired：对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。即小于20bp的被去除。：对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。-s/--stringency<INT>：设定可以忍受的前后adapter重叠的碱基数，
trim_galore去接头和质控
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06-18 4039
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件，用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后，第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件，我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤，FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布，trim_galore将这两个软件封装到一起，使用起来更加的方便。 参数说明：-q 25
转录组测序day 1 基础知识
doctor_yuxiang的博客
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trim_galore使用方法
heading_control.rar_desired _linearization _trim_uav_uav control
09-19
This script will setup the nonlinear simulation (UAV_NL.mdl) and call trim and linearization routines. Select the desired aircraft here in this script, via the "UAV_config()" function call.
Blank_size_and_Trim_line.zip_LS DYNA_balancejev_ls-dyna
09-23
"Blank_size_and_Trim_line.zip_LS DYNA_balancejev_ls-dyna"这个文件包可能包含了一系列关于LS-DYNA在处理冲压工艺中的空白尺寸和修剪线的应用教程或案例。 在金属冲压工艺中，"blank size"指的是初始板材的尺寸，...
android_video_trim_sample
04-30
标题"android_video_trim_sample"提示我们这是一个关于Android视频裁剪的示例项目。这个项目利用了Android的Media Package，这是一个强大的框架，提供了处理多媒体数据（如视频和音频）的能力。本文将深入探讨...
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10-03
本资料“qianfei_trim_20171222_share_旋翼配平_直升机_”可能包含了关于孤立直升机旋翼配平的深入讨论，以及与飞行动力学相关的知识。 首先，我们来理解一下什么是旋翼配平。旋翼配平，简而言之，就是调整旋翼叶片...
转录组分析中Trimmomatic和Trim_galore详细使用说明（1） Trimmomatic
lazymark2的博客
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使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤
庐州月光的博客
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欢迎关注”生信修炼手册”!cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤，FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布，trim_galore将这两个软件封装到一起，使用起来更加的方便...
2019/2/19_生信软件trim_galore和hisat2软件的结果解读
super_qun的博客
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Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件，用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后，第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件，我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。 软件说明 版本信息 Trim Galore version: 0...
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m0_46336667的博客
09-25 573
TrimGalore下载
转录组分析中Trimmomatic和Trim_galore详细使用说明（2） Trim_galore
lazymark2的博客
08-05 5860
Trim_galore 实际上是个套皮的Cutadapt和Fastqc，主要都是用Perl写的。 优劣势分析 优势： 1、安装和使用都非常简单； 2、代码较短 3、参数更直观，不用去死记硬背 4、默认下paired和unpaired，运行速度较快 劣势： 1、可调参数较少 除此之外，trim_galore还有一个特色就是可以对RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing， DNA甲基化测序）构建的文本库进行相应的质控，比如“–rrbs” 参数对于 RRBS
trim_galore的安装及使用
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jiangshandaiyou的博客
09-28 2万+
1、网址：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.6.0.tar.gz 用户手册：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/blob/master/Docs/Trim_Galore_User_Guide.md 2、安装：conda一键安装没成功 所以去了上述网址下载压缩文件，因服务器地址问...
质控工具之TrimGalore使用方法
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TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却非常实用。 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，大哥，我就想去去接头、trim一下质量而已，你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。 想自动化？trim_galore 完美的符合了你的需求，无需自己去查接头，全自动质量过滤，噢耶。...
在Linux中安装trim_galore
07-31
在Linux系统中安装`trim_galore`，这是一个用于优化Next-Generation Sequencing (NGS)数据的工具，特别是处理Sequencing by Synthesis (SBH)产生的Fast5文件中的adapter trim。以下是通过软件包管理器安装的一般步骤： 1. **使用apt-get（Debian/Ubuntu）**: - 打开终端并运行命令更新软件包列表： ``` sudo apt update ``` - 然后安装`trim_galore`： ``` sudo apt install trim-galore ``` 2. **使用yum（CentOS/RHEL）**: - 更新软件包列表： ``` sudo yum check-update ``` - 安装`trim_galore`： ``` sudo yum install trim_galore ``` 3. **使用Conda（Python环境）**: 如果你想要在一个独立的环境中安装，比如使用Miniconda或Anaconda： - 首先需要安装Miniconda或Anaconda： ``` wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` - 创建一个新的环境并安装`trim_galore`： ``` conda create -n myenv trim-galore conda activate myenv conda install trim_galore ``` 确保安装完成后，你可以通过`trim_galore --help`来检查它是否可用。
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