如何从ncbi上下载sra数据

最新推荐文章于 2024-07-06 13:19:36 发布
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分类专栏： 生物信息 文章标签： 数据 生物信息 ncbi sra
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本文介绍了如何从NCBI下载SRA数据，特别是如何通过wget命令进行批量下载。首先在NCBI搜索所需SRA数据，获取accession list，然后将每个样本的FTP地址写入文件，使用wget -i 命令进行批量下载。
摘要由CSDN通过智能技术生成

如何从ncbi上下载sra数据

  • 我参考了网上的一个贴子http://www.plob.org/2014/02/16/7338.html，里面描述了如何用aspera来进行下载，在使用它下载单个数据的时候成功了，批量下载一个文件中所有数据时未能成功，后来我尝试使用wget命令；

  • 根据我要寻找的sra数据去ncbi上进行搜索，

这里写图片描述

选择send results to run selector，之后下载accession list，这个list是个文本文件，里面包含所有样本号信息。例如：ERR260132

  • 如果我们要下载单个sra文件时，需要知道ncbi数据库ftp中的相应地址，一个例子如下：

wget -i ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/ERP/ERP002/ERP002469/ERR260132/ERR260132.sra<
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会口遁的naruto
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如何从NCBI上通过aspera下载SRA数据
weixin_45935114的博客
07-13 1735
获取到了TXV文件后我们需要对内容修改成我们需要的格式，首先文件格式是.TXT 使用EXCEL打开，处理成下图所示的文件。3、第二步使用Notepad++把分号替换成换行，查找模式是扩展，替换为\r\n。点击SRA Run Selector 跳转并获取BioProject。1、打开下载的.TXT文件，图中红色方框中的数据是我们需要的数据。处理号后就可以直接使用aspera批量下载数据。上查询需要下载的list。2、第一步直接替换成空。
NCBI中SRA数据下载
wangprince2017
06-15 1125
NCBI中SRA数据下载 hs6605015 2020-08-02 14:35:34 1170 收藏 8 版权 应用场景： 如果自己没有测序数据，比如Pacbio数据，nanopore数据等，想要测试一些软件，或者想重复文章的内容，就需要从SRA数据库下载数据。 SRA数据库介绍 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTo...
【数据库】SRA数据库介绍及数据下载
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NCBI - SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent等，这个数据库是可以免费无限制下载的。当然，也可以到EBI - ENA数据库直接下载fastq .gz文件。
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前面已经安装好了需要的软件，那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。可以用ascp快速的来下载 sra 文件，也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件。下载完之后可以检查一下数据大小，这里数据大小是没问题的，如果遇到大部分数据是1-3G，有个别数据是200多M的，那就要检查一下是不是下载不完整。挂服务器后台下载，因为没有用上ascp，所以这里是通过HTTPS方式下载的，下载速度很慢，就晚上放着第二天早上下完就行。写于2023年11月20日。
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SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina,SOLiD,lonTorrent, Helicos和CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类： studies--研究课题 experiments--实验设计 ...
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