如何从ncbi上下载sra数据
我参考了网上的一个贴子http://www.plob.org/2014/02/16/7338.html,里面描述了如何用aspera来进行下载,在使用它下载单个数据的时候成功了,批量下载一个文件中所有数据时未能成功,后来我尝试使用wget命令;
根据我要寻找的sra数据去ncbi上进行搜索,
选择send results to run selector,之后下载accession list,这个list是个文本文件,里面包含所有样本号信息。例如:ERR260132
- 如果我们要下载单个sra文件时,需要知道ncbi数据库ftp中的相应地址,一个例子如下:
wget -i ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/ERP/ERP002/ERP002469/ERR260132/ERR260132.sra<